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vcf2phylip:将VCF格式的SNP转换为PHYLIP,NEXUS,二进制NEXUS或FASTA比对以进行系统发育分析
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2021-05-05
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vcf2phylip 将VCF格式的SNP转换为PHYLIP,NEXUS,二进制NEXUS或FASTA比对以进行系统发育分析 简要描述;简介 该脚本以VCF文件作为输入,并将使用SNP基因型创建PHYLIP(松弛版本),FASTA,NEXUS或二进制NEXUS格式的系统发育分析矩阵。 对于杂合SNP,已达成共识,并将IUPAC核苷酸歧义码写入最终矩阵(ces),允许任何倍性水平并自动检测。 该代码针对大型VCF矩阵(数百个样本和数百万个基因型)进行了优化,例如,在我们的测试中,它在约27分钟内处理了20GB VCF(约300万个SNP x 650个个体)。 该脚本的初始版本仅产生了PHYLIP矩阵,但现在我们添加了其他流行的格式,包括使用BEAST中的SNAPP插件运行SNP分析的二进制NEXUS文件(仅适用于二倍体基因型)。 此外,您可以为每个SNP选择最少数量的样本,以控制丢失数
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vcf2phylip-master.zip (4个子文件)
vcf2phylip-master
LICENSE 34KB
README.md 7KB
vcf2phylip.py 19KB
.gitignore 29B
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逸格草草
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