从 FastSimCoal 解析 Newick 树并输出 IBD 段
该程序解析存储在 FastSimCoal 生成的 Newick 树中的祖先重组图 (ARG) 并输出 IBD 段。 用户必须指定重组率 (cM/Mb)、模拟区域的长度(以 bp 为单位)、要输出的 IBD 段的最小长度以及文件中的树总数。 下面的脚本提供了一个示例。 IBD 段被定义为一对个体共享相同最近共同祖先 (MRCA) 的区域。 MRCA 是根据合并时间确定的(请注意,这不是明确的可能性很小)。
依赖项:使用 Forester 库 ( ) 来解析 Newick 树。
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参考资料:该工具是作为分析的一部分而开发的
PF Palamara、T. Lencz、A. Darvasi、I. Pe'er。 “血统身份的长度分布揭示