GMcloser:用预组装的重叠群封闭支架中的间隙-开源

GMcloser 填补并弥补了支架组装中存在的空白，尤其是那些由具有下一代测序 (NGS) 读数的全基因组从头组装产生的空白。 与其他仅使用 NGS 读取的间隙关闭工具不同，GMcloser 使用预组装的 contig 集或长读取集作为关闭间隙的序列，并使用配对末端 (PE) 读取和基于似然的算法来提高间隙的准确性和效率关闭。 间隙闭合的效率可以通过使用不同重叠群集的连续处理来提高。 附带的包 GMvalue 是确定重叠群和支架中错误组装位点的工具。 与其他相关工具不同，GMvalue 可以通过多种选项定义错误组装类别，并且可以应用于大型基因组的组装。 通过使用 -e 选项，GMvalue 还可以通过拆分或纠正错误组装来生成无错误的程序集。