nanopore-paper-analysis:纳米Kong纸代码

纳米Kong纸分析 该存储库包含我们用于的管道。 带版本标记的是我们用来生成文章结果的代码。 自发布以来，我们已合并了补丁程序以清理代码，但未对功能进行任何更改。 full-pipeline.make Makefile将从ENA下载输入数据，下载所有必需软件的版本，并运行完整的组装管道。 该管道要求GCC> = 4.8，并且应在Python virtualenv中运行。 它使用单个参数CORES ，该参数确定将用于装配的CPU核心数。 该命令将生成程序集： make -f full-pipeline.make CORES=64 polished_genome.fasta 此存储库中的IPython笔记本full-walkthrough演示了从现有的Ubuntu 14.04系统开始的管道的用法。 笔记本还包含我们运行的命令，以生成纸张的结果和图形。