nanopore:UCSC Nanopore集团的软件管道，用于基于参考的序列分析

分析长时间阅读映射的代码，专门为牛津纳米Kong阅读量身定制。 要求 吉特 python 2.7 pysam R 2.15.1或更高版本 适用于R的莱迪思软件包（ ） 我正在考虑使用virtualenv消除pysam依赖性并允许安装其他软件包，但随后您需要安装virtualenv。 安装 要安装代码，请运行： git clone git://github.com/mitenjain/nanopore.git cd nanopore git pull git submodule update --init make 测验 要测试安装运行： make test 这将在test /目录中的分析中运行演示序列。 测试集反映了分析您自己的数据的过程（请参阅）。 更新安装 要更新progressiveCactus安装，请从nanopore基本目录中键入： git pull git sub