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nanopore-methylation-utilities
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2021-05-23
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纳米Kong甲基化实用程序 一套用于从Timp实验室分析纳米Kong甲基化数据的实用程序 床式格式甲基化文件 我将调用的纳米抛光甲基化输出转换为床式格式,使得每一行都是 重叠群 开始 结尾 读名字 甲基化调用字符串 对数似然比 主题背景 甲基化调用字符串的排列方式是 数字由甲基化呼叫分隔 每个数字都是距“起点”的累计距离 甲基化呼叫对应于字母前面位置的基序 “ m”表示甲基化,“ u”表示未甲基化,“ x”表示未调用(不确定) 生成的床样式文件经过排序, 和索引以便于操作。 ./mtsv2bedGraph.py -i [path/to/nanopolish/methylation.tsv] |\ sort -k1,1 -k2,2n | bgzip > [methylation.bed.gz] tabix -p bed [methylation.bed.gz] 将bam转换为igv
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nanopore-methylation-utilities-master.zip (16个子文件)
nanopore-methylation-utilities-master
convert_bam_for_methylation.py 12KB
mtsv2bedGraph_upperlower.py 7KB
megalodon_mcalls_to_bedGraph.py 7KB
methylbed_utils.py 4KB
methylation_R_utils.R 24KB
test
convert_test.sh 785B
test_gmo.sh 726B
haplotype_extract_test.sh 929B
convert_test_noreg.sh 503B
parseMethylbed.py 9KB
extract_mbed_by_qname.py 6KB
mtsv2bedGraph.py 8KB
.gitignore 27B
README.md 2KB
convert_bam_for_methylation_cpggpc.py 11KB
split_bed_by_haplotype.py 7KB
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步衫
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