MotifCatcher 是一个 MATLAB 平台，旨在扩展通过系统地包含/排除输入的现有主题发现程序序列条目，以及在主题树中组织结果。
当用户输入中等数量的输入序列时，MotifCatcher 效果最佳（大约在 20 到 200 之间），用户期望其中一些将包含重要的主题，而有些则不会。 示例数据集可能是染色质免疫沉淀实验后进行微阵列杂交（ChIP-chip）实验，其中蛋白质可以定位于特定的 DNA 片段，这是由于DNA-蛋白质接触（在这种情况下，我们可能会发现一个子序列模式）或间接的蛋白质-蛋白质相互作用（在这种情况下，将没有子序列模式）。
MotifCatcher 利用蒙特卡罗框架内的随机抽样来为整个数据集的子集定义主题。 默认搜索样式在 MEME 和 MAST 程序之间迭代协调（请参阅'安装'）。 整体的合理有意义的子集在 STAMP 平台的帮助下，输入数据集被组织成距离树（
