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数据融合matlab代码-pltfbsmotif:分段线性机器学习模型,用于基于基序的转录因子结合位点预测
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2021-05-22
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数据融合matlab代码pltbbsmotif 分段线性机器学习模型,用于基于基序的转录因子结合位点预测 该存储库包含用于分段线性数据融合模型的MATLAB代码,用于基于基元的转录因子结合位点预测。 该代码用于2010年发表的文章《全基因组范围内的组蛋白乙酰化数据》中的分析,可改善对哺乳动物转录因子结合位点的预测。 该项目中的MATLAB代码由Stephen Ramsey编写,除了六个贡献模块: PSWM_MotifLocator.m , BM_Scan.m , basepairs2num.m , readfastaseqs.m :哈里·Lähdesmäki(个人通信) readbar.m , writebar.m :Matti Nykter(个人交流) 非常感谢Lähdesmäki博士和Nykter博士对该项目的贡献。 要求 该软件需要Waltraud Huyer和Arnold Neumaier的MATLAB软件“分支和FIT稳定噪声优化”(SNOBFIT),该软件可从Universitat Wien免费下载(下载SNOBFIT)[]。 该软件还需要MATLAB Statistics
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pltfbsmotif-master.zip (57个子文件)
pltfbsmotif-master
README.md 1KB
code
ExtendBedFileFeatures.m 74B
RankTransform.m 422B
ConstrainedOptSNOBFIT.m 3KB
SumExtendedFragmentFiles.m 548B
RescaleScanningBarFileQuantile.m 243B
MaskCopyBarFile.m 2KB
oppositestrand.m 615B
RunCompPerfScoreBestModel.m 3KB
PSWM_MotifLocator.m 3KB
CompareMatrixToBinding.m 2KB
BedToBarFile.m 2KB
SelectGenomeFraction.m 2KB
BinBarFile.m 3KB
ScanAllSequences.m 2KB
FixedWigToBarFile.m 1KB
readfastaseqs.m 937B
SplitSequenceByNs.m 636B
ComputePerformanceScore.m 4KB
PlotROCCurves.m 6KB
basepairs2num.m 895B
ConvertBedFiles.m 2KB
ConvertBarToWig.m 2KB
ScanSequenceForMatrix.m 782B
MakeGenomeRegionsBedFile.m 2KB
RescaleScanningBarFile.m 523B
PSWM_Scan.m 2KB
GetGenomeChromSizes.m 1KB
writebar.m 3KB
OptimizePredictionModel.m 5KB
FindChIPSeqPeaks.m 8KB
TestComputeScore.m 649B
BarToTSV.m 467B
IsAllowedChromosome.m 1KB
ReevaluateModelSaveResults.m 3KB
AvgFragCountFiles.m 2KB
ComputeAreaUnderROCCurve.m 4KB
CellToWriteBar.m 2KB
BedToBarFileLabeledRegions.m 1KB
MaskBarFile.m 4KB
AnnotatePolIIPeaks.m 6KB
AnalyzeGCContent.m 2KB
AddBarFiles.m 4KB
ReadMatrix.m 406B
ReadBackgroundModel.m 355B
TsvToBarFile.m 408B
ComputePredictionScore.m 2KB
BM_Scan.m 2KB
MaxBarFiles.m 1KB
SumBarFile.m 1KB
readbar.m 2KB
RescaleBarFile.m 273B
IntervalOverlap.m 284B
OptimizeAndValidateModel.m 11KB
CombineTracksIntoMatrix.m 1KB
EvaluateRandomModel.m 2KB
LICENSE 11KB
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