数据融合matlab代码-regulatory-network-for-HSPCs:HSPC监管网络

所需积分/C币:36 2021-05-22 12:37:00 228KB ZIP
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数据融合matlab代码自述文件 该代码指的是标题为“具有9个造血转录因子的整合调控网络以及经过实验验证的结合位点的揭示细胞状态稳定机制的出版物”。 摘要:转录因子(TF)网络通过建立和维持谱系特异性表达谱来确定细胞类型的同一性,但是由于缺乏对调控相互作用的全面功能验证,阻碍了哺乳动物调控网络模型的重建。 在这里,我们报告全面的ChIP-Seq,转基因和报告基因实验数据,这些数据使我们能够为造血干/祖细胞(HSPC)构建经过实验验证的调节网络模型。 模型仿真以及随后使用单细胞表达谱进行的实验验证揭示了细胞状态稳定的潜在机制,以及致白血病的TF融合蛋白如何扰动关键的HSPC调节剂。 本文介绍的方法应有助于增进我们对正常生理过程和疾病过程的理解。 Matlab代码包括三个模块: 计算机模型 简化模型 指数改变模型 如补充文本中所述,指数变化模型是指方程中指数随基序数量的增加而变化小于线性变化的设置。 要使用计算机模拟,简化模型或指数更改模型运行模拟,请执行以下操作: 首先,将MATLAB的“当前文件夹”更改为“计算机模型”,“简化模型”或“概率已更改模型”。 其次,在命令窗口中键入: 运行

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