matlab匹配滤波代码-DETEQT:诊断靶向测序裁决

matlab匹配滤波代码DETEQT-诊断性序列排序裁定 分析设计评估的管道。 该工具的设计足够坚固，可以处理各种分析设计。 因此，没有做出输入读取的主要假设，只是它们代表了来自多重靶向扩增React的扩增子，并且在测定中参考仅由靶区域组成。 想法是调查读物并描述每个参考序列或靶标是否存在。 这意味着我们仅处理将映射到参考的读段，并忽略了那些不假设如果目标被扩增就会清晰显示的读段。 由于样品流失（低多样性，条形码或引起的流通池过饱和）和低丰度的批次间污染，这些检测的假阳性是主要问题。 该概念是通过将4个映射指标减少为单个计算值，将其与映射深度进行比较，并应用阈值来区分阳性，阴性和不确定结果，从而提供对到参考的读取的整体质量的估计。 使用的度量标准是（每个样本，每个参考）平均基本质量，平均映射质量，线性覆盖范围和同一性。 线性覆盖率和同一性由0到1的范围表示，因此要缩放平均质量，我们将平均基本质量除以Illumina系统的期望值37，将平均映射质量除以BWA的期望值60。 除基本质量外，所有测量值都在0-1范围内，基本质量会自动降低为1（如果该值较高）。 因此，公式为： 质量计算=线性覆