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matlab导入excel代码-clusterseq:使用高通量测序测量条形码细胞种群中的种群动态
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2021-05-21
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matlab导入excel代码## Purpose ClusterSeq是用于分析条形码在多个标签样本中的分布的工具。 该存储库还包括克隆仿真代码; 查看中的详细信息 ##描述 ClusterSeq包含两个单独的工具-一个用于过滤和聚类条形码序列的可执行文件,以及一个用于比较序列的python脚本 ### Cluster命令(cluster.cpp) cluster命令期望以FASTQ格式进行读取,并且期望以以下格式进行读取: [标签] [开始标记] [数据] [结束标记] 其中tag是在所需标签列表文件中标识的多路复用标签(请参见下面的格式),并且start_marker和end_marker是条形码数据前后的恒定序列。 这些被指定为命令行选项。 运行时,cluster命令将按标签分隔每个读取的内容,然后执行以下操作: 检查标识有效条形码的开始和结束“标记”。 带有无效标签的序列将被丢弃。 为了容忍测序错误,对条形码序列进行有限数量的聚类。 可接受的差异数在命令行上指定。 编写一个文件,其中包含此标签的所有读取和质量字符串的列表。 文件的每一行都包含数据序列,选项卡和相应的Phred
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clusterseq-master.zip (23个子文件)
clusterseq-master
cloning_simulation
results
histogram_450k.csv 59B
histogram_300k.csv 1KB
histogram_1000k.csv 59B
histogram_750k.csv 59B
histogram_2m.csv 1KB
histogram_600k.csv 59B
README.md 1KB
simulation.py 2KB
LICENSE.txt 4KB
README.md 5KB
clusterseq.graffle 40KB
INSTALL 86B
clusterseq.png 622KB
merge_clusters.py 6KB
test
tag_parse3.tags 60B
tag_parse2.tags 60B
tag_parse4.tags 111B
tag_parse.fastq 172B
tag_parse.tags 34B
run_tests.sh 1KB
tag_parse_length_mismatch.tags 35B
merge_clusters2.py 5KB
cluster.cpp 28KB
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