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MATLAB典型环节代码-nuctools:用于从高通量测序数据分析染色质特征占用情况的软件
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2021-05-23
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MATLAB典型代码Nuc工具 NucTools是一个用于从高通量测序数据分析染色质特征占用情况的软件包 高通量测序方法的生物医学应用产生了大量数据,其中许多染色质特征沿着基因组定位。 经常通过创建二进制数据集来分析结果,这些数据集将给定特征的存在与否与特定基因组基因座相关联。 但是,核小体的占据或染色质可及性格局基本上是连续的。 当前,应对深度测序染色质读数的连续分布并整合不同类型的离散染色质特征以揭示它们之间的联系是本领域的挑战。 在这里,我们介绍了Perl脚本的NucTools套件以及基于MATLAB和R的可视化程序,用于以核小体为中心的深度测序数据的下游分析。 NucTools负责核小体占用的连续分布。 它允许计算几次重复实验中平均的核小体占用率曲线,比较不同实验条件之间的核小体占用态势,以及估算整体染色质特性(如核小体重复长度)的变化。 此外,NucTools有助于用其他染色质特征(如转录因子或建筑蛋白的结合)和表观遗传标记(如组蛋白修饰或DNA甲基化)来注释核小体的存在。 系统要求 建议使用具有至少64 GB RAM的Linux(2.6内核或更高版本),Windows 7
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nuctools-master.zip (45个子文件)
nuctools-master
figures
splash.png 543KB
Memory_usage.png 30KB
chr1.nrl.PNG 155KB
NucTools_Manuscript_Figure1_scheme.png 110KB
aggregate_profile.pl 53KB
average_replicates.pl 12KB
bowtie2bed.pl 7KB
bed2occupancy_average.pl 14KB
nucleosome_repeat_length.pl 27KB
NucTools manuscript bash files
bash_fuzzy_regions_mESC_100bp.sh 5KB
bash_aggregate_profile_GSM2183911_AT_fuzzy-nucs.sh 11KB
bash_compare_MEF_vs_ESC.sh 16KB
bash_calculate_occupancy_GSM2183911.sh 3KB
bash_stable_nucs_mESC_100bp_sh 5KB
bash_aggregate_profile_GSM2183911_AT_LOCs.sh 13KB
bash_heatmap_MEF-nucs_AT_CTCF.sh 12KB
README.md 706B
bash_aggregate_profile_GSM2183911_AT_stable-nucs.sh 11KB
bash_average_over_all_mESC_replicates.sh 20KB
bash_nucleosome_repeat_length_GSM2183911.sh 3KB
extract_chr_bed.pl 12KB
stylesheets
normalize.css 8KB
github-light.css 3KB
stylesheet.css 6KB
stable_nucs_replicates.pl 15KB
CMB
ClusterMaps_Builder_src.zip 2.09MB
Win_ClusterMapBuilder_web.zip 5.11MB
README.md 1KB
ClusterMaps_Builder_Manual_v3.pdf 2.09MB
LICENSE 34KB
README.md 18KB
merge2tabs.pl 9KB
average_replicates.DBI.pl 14KB
calc_fragment_length.pl 24KB
extend_SE_reads.pl 7KB
extend_fragments.pl 7KB
misc
match_2tables_byID.R 3KB
plotNRL.R 8KB
LoadAnnotation.BioMart.R 3KB
README.md 3KB
.gitignore 160B
_config.yml 27B
extract_rows_occup.pl 7KB
compare_two_conditions.pl 18KB
extend_PE_reads.pl 9KB
共 45 条
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