RTCR:用于从高通量测序数据中完整而准确地恢复TCR库的管道

RTCR 恢复T细胞受体（RTCR）是用于从高通量测序数据中完整而准确地恢复TCR库的管道。 安装 RTCR需要一个外部对准器，我们为Bowtie 2选择了它，但是如果您想使用自己的对准器，请阅读“开关对准器”部分。 该管道已通过python 2.7.3版成功测试。 安装 安装 下载压缩文件并解压缩。 领结2不包括在此文件中，需要单独下载和安装（请参阅步骤1）。 打开终端并转到新提取的RTCR文件夹并运行： python setup.py install 要测试一切是否顺利，请键入“ rtcr”（然后按Enter）。 这应该导致打印出帮助，显示RTCR的命令行选项。 配置RTCR RTCR需要知道Bowtie 2的安装位置，特别是它需要知道'bowtie2-build'和'bowtie2'可执行文件所在的目录： rtcr Config Aligner.location=/pa