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matlab集成c代码-rFASTCORMICS:快速化妆品
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2021-05-22
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Matlab集成的c代码介绍 FASTCORE算法家族是模型构建算法的集合,这些模型构建算法可以基于通用的基因组规模的代谢重建和一些输入数据来重建上下文特定的代谢模型。 有关FASTCORE算法系列的更多详细信息,请参见: - FASTCORE (Vlassis et al., 2014, PloS Computational Biology) - FASTCORMICS (Pacheco et al., 2015, BMC Genomics) - Benchmarking (Pacheco et al., 2016, Frontiers in Physiology) - rFASTCORMICS (Pacheco et al., 2019, EBioMedicine) 最近的重大更新是在2021年4月26日。 用于rFASTCORMICS rFASTCORMICS是一种用于基于RNA序列数据重建特定情境的代谢模型的算法。 它类似于FASTCORMICS的微阵列数据,但将RNA序列数据作为输入,最好是FPKM转换。 前提条件 软件 - Matlab 2013 or higher -
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matlab集成c代码-rFASTCORMICS:快速化妆品 (100个子文件)
discretize_FPKM_skewed.asv 8KB
GSM1209558_Neutrophil1.CEL 12.92MB
GSM1209554_B_Cell1.CEL 12.92MB
GSM1209559_Neutrophil2.CEL 12.92MB
GSM1209557_B_Cell4.CEL 12.92MB
GSM1209555_B_Cell2.CEL 12.92MB
GSM1209560_Neutrophil3.CEL 12.92MB
GSM1209556_B_Cell3.CEL 12.92MB
Fig2.fig 3.27MB
fig4.fig 2.28MB
Fig3.fig 1.68MB
Fig1.fig 667KB
LICENSE 7KB
discretize_FPKM_skewed.m 8KB
discretize_FPKM.m 8KB
fastcormics.m 6KB
fastcormics_RNAseq.m 6KB
singleGeneDeletion_rFASTCORMICS.m 6KB
fastcc_4_rfastcormics.m 3KB
fastcc_4_fastcormics.m 3KB
map_expression_2_data_rFASCTCORMICS.m 2KB
map_expression_2_data_fastcormics.m 2KB
fastcore_original.m 2KB
generateRules_rFASTCORMICS.m 2KB
generateRules_FASTCORE.m 2KB
generateRules_fastcormics.m 2KB
DrugDeletion.m 2KB
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fastcc_fastcore.m 2KB
fastcore_4_fastcormics.m 2KB
findEX_Rxns_rFASTCORMICS.m 1KB
findEX_Rxns_fastcormics.m 1KB
fittingcurve.m 1KB
LP9_rFASTCORMICS.m 1KB
LP9_fastcormics.m 1KB
LP9_fastcore.m 1003B
constrain_model_rFASTCORMICS.m 975B
constrain_model_fastcormics.m 974B
GPRrulesMapper_rFASTCORMICS.m 894B
GPRrulesMapper_fastcormics.m 894B
createFit_r.m 811B
createFit_l.m 790B
findSparseMode_4_rfastcormics.m 729B
findSparseMode_4_fastcormics.m 726B
findSparseMode_fastcore.m 701B
LP7_rFASTCORMICS.m 676B
LP7_fastcormics.m 676B
LP7_fastcore.m 671B
LP3_rFASTCORMICS.m 423B
LP3_fastcormics.m 423B
LP3_fastcore.m 419B
fixIrr_rFASTCORMICS.m 380B
fixIrr_FASTCORE.m 380B
fixIrr_fastcormics.m 380B
dico_rFASTCORMICS.mat 71.63MB
dico_recon.mat 10.76MB
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GeneDrugRelations.mat 6.4MB
dico_hugene10st_recon.mat 2.96MB
Recon204.mat 1.57MB
dico_ML.mat 1.44MB
Recon2.v04.mat 926KB
hgu133plus2dico.mat 314KB
consistRecon1.mat 178KB
medium_example.mat 26KB
C_liver.mat 2KB
RPMI_charstrippedFBS_DHT_MTA_content.mat 577B
README.md 12KB
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book_example_v2.mlx 332KB
FASTCORMICS_Example.mlx 102KB
fastcormicsRNAseq_example_v4.mlx 8KB
FASTCORE_example.mlx 4KB
fig4.pdf 55KB
Fig2.pdf 31KB
Fig1.pdf 23KB
Fig3.pdf 4KB
Fig3.png 65KB
fig4.png 53KB
Fig1.png 38KB
Fig2.png 32KB
Barcode for FASTCORMICS.R 3KB
fig4.tif 2.76MB
Fig2.tif 1.05MB
Fig1.tif 1.05MB
Fig3.tif 1.05MB
barcode.txt 6.37MB
frma.txt 6.16MB
hgu133plus2_dico.txt 4.04MB
fpkm_BRCA_control.txt 3.51MB
fpkm_BRCA_cancer.txt 3.47MB
rownames.txt 577KB
FASTCORMICS RNAseq.txt 5KB
read me.txt 1KB
colnames.txt 173B
datainformation.txt 68B
rFASTCORMICS Version 2020.zip 6MB
rFASTCORMICS Website Version 2019.zip 4.95MB
FASTCORE_1.0.zip 183KB
FASTCORMICS website version 2015.zip 11KB
共 100 条
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