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matlab代码中fnames-PACER:PACER工具,用于从化学敏感性数据中鉴定途径
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2021-05-27
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matlab代码中fnames 打包机 该代码是用MATLAB编写的。 请在src文件夹中运行DCA_embedding 我们需要两个输入文件来运行代码NetList。 网络文件 第一个是网络文件(例如,PPI网络,共表达网络)。 例如,数据文件夹中的“ Network.txt”。 格式: 202 2173 0.588 2173 202 0.588 204901 0.001 901204 0.001 在每个网络文件中,每一行包含三个数字,代表网络中的一条边。 前两个数字是基因ID,第三个数字是边缘权重。 途径基因关联文件 第二文件是途径-基因关联文件。 例如,数据文件夹中的“ Pathway_property.txt”。 格式: 1487 2 1 3713 2 1 4201 2 1 第一个数字是途径ID,第二个数字是基因ID。 第三个数字是边缘权重。 用法:请将网络文件和路径关联文件放在./data/中。运行DCA_embedding.m将为每个基因在./results/中生成嵌入载体。 最终途径排名。 然后,请运行Python脚本以根据嵌入向量获得最终的路径排名。 python em
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PACER-master.zip (12个子文件)
PACER-master
embedding_top_pathways.py 6KB
data
drug_gene_correlations.json 120B
Pathway_property.txt 24B
gene_indices.txt 5B
pathway_genes.txt 75B
pathway_indices.txt 4B
Network.txt 40B
result
Network.txt_net_50_0.5.U 220B
src
DCA_embedding.m 1KB
loadNetwork.m 361B
diffusionRWR.m 857B
README.md 2KB
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