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Whole Genome Resequencing Pipeline v2.0:Automated mapping and in...
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2021-06-01
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新!:SAMtools 和 Picard 依赖项被内置的 MATLAB 功能取代。 现在只需要 BWA 和 GATK。 自动化单端全基因组重测序 (WGRS) 数据处理,从而使用预安装的依赖项将读取从 FASTQ 映射到参考并重新对齐插入缺失。 BWA 必须安装并在系统路径上可用,而 GenomeAnalysisTK.jar 必须在 MATLAB 路径上可用。 如果没有提供参数,将要求用户提供一个或多个 FASTQ 读取文件和参考 FASTA。 鼓励开发人员根据他们的需要调整此模板。 流水线步骤是: (0a) FM 索引参考(BWA 索引) (0b) 创建 FASTA 索引(内部 fai) (0c) 创建序列字典(内部字典) (1) 地图读取(BWA mem) (2) SAM 转 BAM (MATLAB sam2bam) (3)排序BAM(MATLAB bamsort) (4) 索引 BA
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