# Overview
This repo contains a set of scripts used in analyses of genetics of gray and white matter structure and gene-by-environment interactions.
# GWAS analyses
GWAS analyses, follow-up clumping and GO scripts are located in the GWAS folder
# Genetic correlations
The LDSC folder contains the scripts used in genetic correlation analyses
# Gene x Environment interactions
Gene by environment interaction scripts and main effects of SNPs on cognition are contained in the GxE folder; CLSA subfolder includes CLSA-specific scripts
# ROSMAP
Transcriptomic analyses testing for the association between gene expression and cortical thickness and SNP association analyses trying to replicate some GWAS results are found in the ROSMAP folder
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灰质和白质结构的遗传和环境互作的基因分析matlab代码.zip
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2024-04-08
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1.版本:matlab2014/2019a/2021a 2.附赠案例数据可直接运行matlab程序。 3.代码特点:参数化编程、参数可方便更改、代码编程思路清晰、注释明细。 4.适用对象:计算机,电子信息工程、数学等专业的大学生课程设计、期末大作业和毕业设计。
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灰质和白质结构的遗传和环境互作的基因分析matlab代码.zip (26个子文件)
灰质和白质结构的遗传和环境互作的基因分析matlab代码
imaging_genetics-main
LDSC
ldsc_script.sh 3KB
GWAS
submission_script.sh 2KB
gwas_submit_wrapper_script.sh 853B
clumping.txt 1KB
GO_script.R 2KB
metal.txt 1KB
ideogram_data_prep.m 493B
ROSMAP
post_DGE.m 9KB
gwas_hit_replication.m 10KB
GxE
WMH_GxE.m 4KB
meta_analyzep 384B
network_viz_fs.m 6KB
CLSA
CLSA_PRS.m 10KB
CLSA_SNPs.m 3KB
Chromosome17_PLS.m 5KB
data_import.m 23KB
genetic_correlations_modules_and_visuals.m 2KB
SNP_extract.m 3KB
fluid_intelligence_UKB.m 6KB
clean.m 197B
UKB_GxE_cross_validation.m 7KB
cognitive_function_UKB.m 2KB
UKB_GxE.m 20KB
README.md 162B
cardio_effects.m 3KB
README.md 744B
共 26 条
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