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PacBio SMRT 测序原理 PacBio SMRT 测序技术是第三代测序技术的代表，应用了边合成边测序的原理，使用 Single Molecule Real Time（SMRT）芯片作为测序载体。该技术的原理是聚合酶捕获文库 DNA 序列，锚定在零模波导孔底部，四种不同荧光标记的 dNTP 随机进入零模波导孔底部，荧光 dNTP 被激光照射，发出荧光，检测荧光信号存在时间长短，区分匹配碱基与游离碱基，获得 DNA 序列。 PacBio SMRT 测序技术的关键创新是零模波导孔（zero-mode waveguides, ZMWs）和荧光标记在核苷酸焦磷酸链上（Phospholinked nucleotides）。ZMW 是一个直径只有 10~50 nm 的孔，当激光打在 ZMW 底部时，只能照亮很小的区域，DNA 聚合酶就被固定在这个区域。只有在这个区域，碱基携带的荧光基团被激活从而被检测到，大幅地降低了背景荧光干扰。 SMRT Cell 和 ZMWs 将荧光染料标记在核苷酸的磷酸链而不是碱基上，当核苷酸掺入到新生的链中，标记基团就会自动脱落，减少了 DNA 合成的空间位阻，维持 DNA 链连续合成，延长了测序读长。 PacBio SMRT 测序技术的优点是可以实现单分子测序和超长读长，保持聚合酶的活性，是最接近天然状态的聚合酶反响体系。这种技术可以广泛应用于基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域。 PacBio SMRT 测序技术的应用包括： 1. 基因组学：PacBio SMRT 测序技术可以用于基因组学研究，例如基因组 assembly、基因组 annotation 和基因组比较等。 2. 转录组学：PacBio SMRT 测序技术可以用于转录组学研究，例如转录组 assembly、转录组 annotation 和转录组比较等。 3. 蛋白质组学：PacBio SMRT 测序技术可以用于蛋白质组学研究，例如蛋白质序列分析、蛋白质结构预测和蛋白质相互作用研究等。 PacBio SMRT 测序技术的发展前景广阔，未来可能会在基因组学、转录组学、蛋白质组学等领域产生深远的影响。