引物设计学习笔记.docx
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2021-07-19
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引物设计学习笔记
一、普通 PCR（RT-PCR）引物设计
1.软件准备：Primer 5、Oligo 7。
2.查找目的序列。NCBI 上搜索物种&蛋白得到 CDS 序列和氨基酸序列，
保存在 word 中。
3.查找有无信号肽。在线工具 SignalP 中粘贴氨基酸序列，查找有无信号肽，
若有，删除信号肽部分基因序列，若无，该序列可直接使用。一般 CDS 序
列是没有信号肽的，可直接使用。
4. Primer 5 软件设计引物。打开软件 Primer 5 →New→DNA Sequence→粘
贴目的序列，前端与后端添加数个 N→Enzyme：注意哪些常用酶不能用→
关掉；
Primer→s→ 选 取 前 端 （ 5’ 端 ） 序 列 ， 尽 量 选 Hairpin 、 Dimer 、 False
Priming、Cross Dimer 均为 None 的，不过即使有也没关系→Edit Primers→
去除前端 N，序列长度 18-25 个碱基→在 5’端加上酶切位点序列（如：
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