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: hisat:快速拼接对准器，内存需求低希萨特HISAT是一种快速灵敏的剪接比对程序，可用于绘制RNA-seq读图。 HISAT除了代表整个基因组的一个全球FM指数外，还使用大量小FM指数，这些指数共同覆盖了整个基因组（每个指数代表约64,000 bp的基因组区域，并且...
评级：0 浏览量：115 收藏量：0 资源大小：5.11MB 上传时间：2021-05-10

: hisat2:基于图的对齐方式（分层图FM索引）基于图的基因组比对和HISAT2和HISAT基因型的基因分型接触（）和（）抽象的下一代测序技术的飞速发展极大地改变了我们进行基因组规模分析的能力。用于大多数基因组分析的人类参考基因组仅代表少数个体，从而...
评级：0 浏览量：323 收藏量：0 资源大小：6.64MB 上传时间：2021-05-12

: hisat-0.1.6-beta-source.zip hisat-0.1.6-beta-source.zip 转录组mapping软件
评级：0 浏览量：136 收藏量：0 资源大小：5.03MB 上传时间：2015-05-18

: HISAT2Aligner：用于docker化的Hisat 2 aligner模块的仓库 HISAT2Aligner HISAT2是一种快速灵敏的比对程序，可将下一代测序读数（DNA和RNA）映射到人类基因组（以及单个参考基因组）。请参阅了解该算法的详细信息。
评级：0 浏览量：156 收藏量：0 资源大小：110KB 上传时间：2021-02-12

: rnaseq:使用STAR，RSEM，HISAT2或Salmon的RNA测序分析流程，具有同工型计数和广泛的质量控制介绍 nf-core / rnaseq是用于RNA测序数据的生物信息学分析管道。该管道是使用构建的，是一种工作流工具，可以以非常便携的方式跨多个计算基础架构运行任务。它带有docker容器，使安装变得简单，结果可高度重现。...
评级：0 浏览量：1836 收藏量：1 资源大小：3.43MB 上传时间：2021-04-29

: TOREX – HiSAT COT:registered: 超小型 600mA DC/DC转换器日前，Vishay Intertechnology, Inc.（NYSE 股市代号：VSH）宣布，推出全新系列1 MBd高速光耦---VOH1016A系列，该器件采用集电极开路输出并具有施密特触发器功能，可轻松集成到数字系统中。VOH1016A系列器件接通门限...
评级：0 浏览量：88 收藏量：0 资源大小：62KB 上传时间：2021-01-20

: rnaseq:RNA-seq分析 HISAT2和StringTie2可以从运行hisat_stringtie运行./map.sh然后./quant.sh 。可以通过运行./run.sh从star_rsem运行STAR和RSEM。 Kallisto酒店可以从运行kallisto运行./quant.sh 。测试数据用于比较工作流程的...
评级：0 浏览量：691 收藏量：2 资源大小：5.37MB 上传时间：2021-04-28

: scRNA_SMARTseq2 scRNA_SMARTSEQ2_transcriptomeMapping 该管道用于处理双末端单细胞RNA测序。管道将每个单元格的单独FASTQ作为输入，并进行修剪，映射，过滤和计数读取。然后，使用该计数表生成带... HISAT2默认情况下输出SAM文件，
评级：0 浏览量：216 收藏量：1 资源大小：448KB 上传时间：2021-05-03

: cwl:Pitagora-Network提供的通用工作流语言工具和工作流 RNA序列TopHat2- * tophat2-袖扣HISAT2- * hisat2袖扣hisat2扎带星星-* 明星袖扣星型领带卡利斯托三文鱼测试上面列出的每个工作流程都有一个Shell脚本来运行该工作流程进行测试。有关如何执行测试运行的信息，请...
评级：0 浏览量：63 收藏量：0 资源大小：304KB 上传时间：2021-05-07

: UWO241-RNA-Seq-analysis:全球转录组学分析和南极绿色藻类衣藻衣原体UWO241中差异表达的热激蛋白基因使用HISAT2将数十亿个UWO241 RNA-seq读图定位到绿藻组装的基因组（参考基因组：GCA_016618255.1），并使用HTSeq-count v0.11.3对预测的基因模型进行计数。使用Stringtie v2.1.5从HISAT2创建的SAM / BAM文件生成...
评级：0 浏览量：103 收藏量：0 资源大小：531KB 上传时间：2021-04-21

: rna_seq 参数： -a | --aligner-to-use -a | --aligner-to-use ：如果要使用Kallisto，则指定1如果要使用HISAT2，则指定2 。默认值：Kallisto -i | --input-files-directory -i | --input-files-directory ：输入包含FASTQ...
评级：0 浏览量：65 收藏量：0 资源大小：2KB 上传时间：2021-03-17

: hppRNA:用于 RNA-Seq 分析的基于 Snakemake 的便捷无参数管道-开源 (6) HISAT - StringTie - Ballgown。使用本包时请引用以下论文：王大鹏。 hppRNA——一种基于 Snakemake 的方便的无参数管道，用于对大量样本进行 RNA-Seq 分析。生物信息学简报，第 19 卷，第 4 期，2018 年 7 ...
评级：0 浏览量：266 收藏量：0 资源大小：13.43MB 上传时间：2021-06-28

: POP序列先决条件根据用户手册安装以下软件： fastqc（） Samtools（） Bedtools（） Hisat（）食人鱼（）（来自史密斯实验室）数据集公共访问： UCSC-基因组浏览器： : 基因表达综合（GEO）： ://...
评级：0 浏览量：130 收藏量：0 资源大小：948KB 上传时间：2021-02-18

: ChIP-Seq-pipeline:用于ChIP-Seq分析的管道 align设置HISAT2和bwa索引文件必须从fasta文件中手动构建。它们的位置必须在align.sh文件中更改（适用于自动检测）。可以在此处找到列入黑名单的区域，并且必须在align.sh文件中更改其位置（适用于自动检测）。 ...
评级：0 浏览量：414 收藏量：0 资源大小：13KB 上传时间：2021-04-06

: learning_bam_file:学习Sequence AlignmentMap格式目录从 BAM 文件创建 FASTQ 文件BAM文件的随机子采样计算读取次数获取基因组序列比较 BAM ... 此自述文件中的示例使用ERR188273_chrX.bam BAM 文件（存储在eg文件夹中），使用 HISAT2 + StringTie2 RNA-seq 管道根据h
评级：0 浏览量：132 收藏量：0 资源大小：108.57MB 上传时间：2021-07-23

: Brkljacic_etal Brkljacic_TE_paper_scripts 该存储库包含用于Brkljacic等人进行分析的脚本，“质粒存储库中转座因子的频率，组成和... 然后使用此参考将gen10和gen70数据与HiSat2对齐。 3_sort.job使用samtools对对齐输出进行排序
评级：0 浏览量：52 收藏量：0 资源大小：14KB 上传时间：2021-03-17

: 剧本所使用的工具包括但不限于：Trimmomatic，Bowtie2，HISAT2，Samtools，Picard和Bedtools。在适当的情况下，需要安装这些工具才能成功运行脚本。强烈建议将包含使用脚本的目录添加到PATH变量，以便Bash终端可以...
评级：0 浏览量：204 收藏量：0 资源大小：167KB 上传时间：2021-02-22

: 二代测序总结原始sra测序数据、基因组注释文件、基因组参考数据的下载，整理，以及RNA-seq分析软件：hisat2 和 stringtie 的安装和使用，差异基因的获取
评级：0 浏览量：1054 收藏量：2 资源大小：1.55MB 上传时间：2019-04-12

: HSRA:用于RNA序列数据的Hadoop拼接读取对齐器-开源该工具使生物信息学研究人员可以通过将快速多线程拼接对齐器（HISAT2）与Apache Hadoop（一种可扩展的大数据处理分布式计算框架）相结合，有效地将其映射任务分布在群集的各个节点上。 HSRA当前支持来自FASTQ / ...
评级：0 浏览量：81 收藏量：0 资源大小：361KB 上传时间：2021-04-28

: RNA-seq-workshop：RNA-seq-workshop 修整质量适配器修整如何使用HISAT2在参考上比对测序读数创建参考序列对齐参考上的读数定义对齐格式SAMtools简介如何获得计数矩阵什么是注释文件如何使用featureCount 差异基因表达分析（使用DESeq2，edgeR和Limma...
评级：0 浏览量：139 收藏量：0 资源大小：2.41MB 上传时间：2021-02-15

: Alternative-Splicing-Tools:替代剪接分析资源列表 2020年9月25日（最后一次提交）考研的GitHub GSNAP 最新版本：2021年2月22日网址考研 HISAT2 上次发布时间：2020年7月24日网址考研的GitHub iMapSplice：个性化的RNA-Seq比对工具上次发布：2019年2月8日考研的...
评级：0 浏览量：94 收藏量：0 资源大小：14KB 上传时间：2021-04-08

: scATAC_snakemake:用于板scATAC-seq处理的Snakemake管道 Snakemake管道可处理基于板的scATAC-seq数据该存储库包含用于处理通过生成的scATAC-seq数据的代码。与原始Nat相比有什么区别。通讯出版物？ ...hisat2 v2.1.0 samtools v1.9 bedtools v2.27.1 f
评级：0 浏览量：98 收藏量：0 资源大小：1.02MB 上传时间：2021-05-12

: smallRNA-polymRNA:小RNA和多核糖体测序数据的处理和分析 HISAT2（v2.10）管道小RNA序列秀丽隐杆线虫基因组注释： C.elegans.WBCel235.96.gtf.gz 秀丽隐杆线虫参考基因组： : 成熟的秀丽隐杆线虫miRNA： : cel fastQC（1）.sh ：读取质量的初步评估 cutadapt（1）.sh ...
评级：0 浏览量：246 收藏量：0 资源大小：8.31MB 上传时间：2021-03-29

: bioinformatics_util：Morrison实验室的常用脚本和工具该python3脚本用于使用bowtie2，bwa，STAR和hisat2对齐单端/成对的fastq文件。相应地更改fastqs，alliger和slurm作业详细信息路径的标题。 runMELT.py 此python3脚本用于为目录中的所有.bam文件提交单独的slurm...
评级：0 浏览量：91 收藏量：0 资源大小：6.54MB 上传时间：2021-02-08

: CLEAR:直接比较环状和线性RNA表达清除/ CIRCexplorer3 对于C ircular和L A的计算管道inear RNAêXPRESSION甲来自R ibosomal-RNA耗尽（R ibo-）RNA-SEQ nalysis... usage: clear_quant [-h] -1 M1 [-2 M2] -g GENOME -i HISAT -j BOWTIE1 -G GTF [-o
评级：0 浏览量：73 收藏量：0 资源大小：54.77MB 上传时间：2021-05-27

: GSE157852_reanalysis STAR vs HISAT2 vs Salmon的再分析1.原始数据和对齐方式查看2.从最初的分析变化-conda环境-已安装DESeq2 = 1.30.1（而不是1.30.0）-其他主要软件包与原始分析相同name : rchannels : - conda-forge - bioconda - ...
评级：0 浏览量：127 收藏量：0 资源大小：22.93MB 上传时间：2021-03-26

: SPEAQeasy:SPEAQeasy SPEAQeasy——来自 Lieber 研究所 Jaffe 实验室的 RNA-seq Pipeline概括SPEAQeasy是S- calable RNA测序P ipeline对于E上的表达A相对于nalysis和Q uantification 。基于，能够使用 Docker 容器并利用常见的资源管理...
评级：0 浏览量：77 收藏量：0 资源大小：718.67MB 上传时间：2021-08-04

: 2020_Invitro_hemocyte_dermo_transcriptomes 2020_Invitro_hemocyte_dermo_transcriptomes 该存储库中包含脚本，可使用HISAT和Stringtie管线来分析在体外用海生疟原虫攻击的血细胞转录组。
评级：0 浏览量：35 收藏量：0 资源大小：46KB 上传时间：2021-04-09

: RNA-seq流程，博客对应的相关文件苏州大学现代统计与生物信息学课程内容，实现RNA-seq流程的报告，使用hisat2+stringtie+ballgown流程
评级：0 浏览量：1025 收藏量：4 资源大小：4.27MB 上传时间：2017-04-23

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