基因ID

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基因ID

: 一个非常全的人类基因id转换工具.pdf GeoTcgaData中有一个人类基因id转换函数：`id_conversion_vector()`，它支持的id种类非常多，同时与同类软件相比，它的转换率也非常高。此文档是对于这个软件包的使用介绍。
评级：0 浏览量：2945 收藏量：1 资源大小：327KB 上传时间：2020-02-24

: 基因ID转name工作台.xlsx 基因ID转name工作台.xlsx，可以将基因I转化为基因name，使用EXCEL处理，上手快速，很适合收藏一份
评级：0 浏览量：133 收藏量：0 资源大小：1.34MB 上传时间：2020-02-18

: pyEntrezId:将Ensembl，Uniprot和HGNC ID转换为Entrez基因ID PyEntrezId Python软件包可在各种基因或蛋白质ID之间进行转换 ...将Ensemble转录本基因ID转换为Entrez基因ID from PyEntrezId import Conversion EnsemblId = 'ENST00000407559' # include your email a
评级：0 浏览量：1173 收藏量：0 资源大小：11KB 上传时间：2021-05-02

: matlab精度检验代码-hpcleap_dnds:滑动窗口dN/dS与功能蛋白结构域比较...给定VectorBase基因ID输入后，它将汇 Ks分析，使用直系同源VB基因id的蛋白质作为参考（例如AAEL001802），揭示了属于用户指定的VB基因id查询（例如AGAP010815）的蛋白质序列的选择性压力。选择性压力的测量单位是dN / dS，是使用pairwise计算的，我们以...
评级：0 浏览量：131 收藏量：1 资源大小：678KB 上传时间：2021-05-22

: 分化抑制基因Id4的沉默对MEL细胞的影响及相关基因表达分析 (2008年) 将反义Id4导入MEL细胞株,研究此基因对细胞增殖、分化及凋亡的影响。结果表明,Id4基因的沉默显著抑制细胞增殖,细胞的分化率明显提高(84倍);细胞的死亡率和凋亡率均增加,但基因沉默对分化的促进占优势,Id4可能是调控和...
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：952KB 上传时间：2021-05-26

: TGACBrowser:TGAC的基因组浏览器 TGAC浏览器TGAC的基因组浏览器描述： TGAC浏览器是免费软件：您可以根据自由软件基金会发布的GNU通用公共许可证的条款（许可证的版本3）或（可选）任何更高版本来重新分发和/或修改它。发行了TGAC浏览器，希望它会...
评级：0 浏览量：123 收藏量：0 资源大小：25.69MB 上传时间：2021-05-07

: 基因功能功能性人类基因的特征。所需的依赖项软件使用的程式参考 access_py.py Bhandari等人，2019 ...该数据库的ID，染色体坐标和序列为最终的功能分配的蛋白质编码，短的非编码RNA和lncRNA序列是可
评级：0 浏览量：118 收藏量：0 资源大小：1.41MB 上传时间：2021-02-13

: Tableau-制作基因图资源内包含tableau源文件以及excel数据源，有需要的小伙伴可以自行下载使用，如需查看视频讲解可以访问西瓜视频：...或者哔哩哔哩：https://space.bilibili.com/630399480?spm_id_from=333.1007.0.0
评级：0 浏览量：15 收藏量：0 资源大小：24KB 上传时间：2024-05-22

: genstats:JHU基因组数据科学序列统计学课程基因组数据科学R软件包的统计信息这是R包，其中包含基因组数据科学统计课的代码和讲座材料。您可以通过安装R包来获取该类中使用的所有代码： source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("devtools")...
评级：0 浏览量：47 收藏量：0 资源大小：10.3MB 上传时间：2021-05-08

: 基因组注释管理系统（Python+Django+MySQL）.zip 它可以利用用户上传的基因组序列和gff3注释文件自动化生成CDS序列、蛋白质序列以及功能注释信息等，并支持Blast序列相似性搜索、基因ID和注释功能关键词搜索。经过测试，该系统性能稳定，能满足用户的基本需求。 ...
评级：0 浏览量：94 收藏量：0 资源大小：38.05MB 上传时间：2022-05-18

: 新型冠状病毒基因分类数据 20条病毒基因数据。输入多个国家的新型冠状病毒的基因组数据，通过子串（kmer）词频分析，挖掘国家间的特征子串，用于病毒的分类。
评级：0 浏览量：164 收藏量：0 资源大小：580KB 上传时间：2020-07-12

: 提取基因序列文件 perl可编译代码，可用于提取目的序列文件中所需序列id
评级：0 浏览量：1603 收藏量：1 资源大小：42KB 上传时间：2018-11-28

: Bird_Perm_Analysis:鸟类基因组排列分析 RPP14 被列出两次，具有两个不同的人类基因 ID。两者都有相同的开始但不同的结局。 anole orthologs 有不同的开始，但在基因列表中接近并按顺序下降。由于这两个条目将在两个基因的块中处理，因此在进行排列分析...
评级：0 浏览量：63 收藏量：0 资源大小：2.91MB 上传时间：2021-07-09

: RGAAT:基于参考的基因组组装和新基因组的注释-开源该程序可以使用序列比对文件（SAM或BAM格式），序列变异文件（VCF格式或五个coloum表（制表符分隔，包括染色体，位置，id，参考），为新的基因组和已知的基因组升级装配和/或注释基因组等位基因和替代等位基因））或...
评级：0 浏览量：363 收藏量：1 资源大小：1.41MB 上传时间：2021-04-29

: RegionAnnotator:区域基因的基本注释 omim，asd_genes，id_devdelay_genes，mouse_knockout：扩展的（10 Mbases）片段重叠条件，距离条件（distance <100Kb）和基因名称比较条件。 gwas_catalog，psychiatric_cnvs：段重叠条件。 ##数据输出看起来...
评级：0 浏览量：125 收藏量：0 资源大小：62.75MB 上传时间：2021-05-13

: furry-couscous:简单的脚本可生成带有geneID的基因列表和带有外显子的bed文件。同时检查geneID是否有效毛茸茸的蒸粗麦粉简单的脚本可生成带有geneID的基因列表和带有外显子的bed文件。还检查geneID是否有效。如何使用所有成绩单获取平面文件：在UCSC浏览器中。选择轨道NCBI RefSeq-表RefSeq Select（获取此表的autodl）...
评级：0 浏览量：124 收藏量：0 资源大小：27.79MB 上传时间：2021-03-18

: GNAT:GNAT识别文本中的基因名称并将其映射到NCBI Entrez基因-开源它将检测文本中提到的基因，例如PubMed / Medline摘要，并消除歧义以消除假阳性，并通过基因ID将其映射到NCBI Entrez基因数据库中的正确条目。 2017年3月：我们开始在Medline上上传GNAT输出。参见文件/结果/ ...
评级：0 浏览量：112 收藏量：0 资源大小：35.68MB 上传时间：2021-04-29

: vg：用于处理基因组变异图的工具变异图（特别是在vg中实现）由以下部分组成：节点，由序列和ID标记边缘，通过两个端点的任意一端连接两个节点路径，描述通过边缘连接的节点时的基因组，序列比对和注释（例如基因模型和转录本）该模型类似于已在...
评级：0 浏览量：754 收藏量：1 资源大小：24.27MB 上传时间：2021-02-26

: 毕业设计-基于python的基因组注释管理系统（源码+答辩ppt+开题报告）它可以利用用户上传的基因组序列和gff3注释文件自动化生成CDS序列、蛋白质序列以及功能注释信息等，并支持Blast序列相似性搜索、基因ID和注释功能关键词搜索。经过测试，该系统性能稳定，能满足用户的基本需求。
评级：5 浏览量：530 收藏量：4 资源大小：24.26MB 上传时间：2021-12-15

: OncoThreads:OncoThreads纵向癌症基因组学可视化项目 Onco线程 OncoThreads纵向癌症基因组学可视化项目。开发环境要安装OncoThreads依赖项，请运行 npm install OncoThreads可以使用以下命令在浏览器中运行或作为电子应用程序运行 ...更新离线基因ID映射
评级：0 浏览量：46 收藏量：0 资源大小：20.01MB 上传时间：2021-04-30

: kiki:来自新的宏基因组组装从头宏基因组组装器安装克隆 Kiki 存储库 git 克隆（或 'git clone git://github.com/GeneAssembly/kiki.git' 用于只读访问）确保安装了 CMake 构建和测试 cd 琪琪目录光盘仓.. 使气./ki -i ../test/short.fa...
评级：0 浏览量：100 收藏量：0 资源大小：71KB 上传时间：2021-07-06

: PDGPCS:PDPCST是一种个性化的驱动基因预测方法操作系统：linux 输入：基因表达数据：肿瘤和正常表达数据，数据格式与示例相同（“ example_tumor.txt”和“ example_normal.txt”，两个文件中的患者ID必须对应）。基因突变数据：数据格式与示例相同（“ ...
评级：0 浏览量：60 收藏量：0 资源大小：8.28MB 上传时间：2021-03-16

: MATLAB编译生成AUTOLISP代码实现可变ID3基因分型决策树分类图的绘制.zip MATLAB编译生成AUTOLISP代码实现可变ID3基因分型决策树分类图的绘制
评级：0 浏览量：45 收藏量：0 资源大小：925KB 上传时间：2021-10-16

: 大数据-算法-定量检测骨髓增生异常综合征中ID4基因甲基化状态的研究.pdf 大数据-算法-定量检测骨髓增生异常综合征中ID4基因甲基化状态的研究.pdf
评级：0 浏览量：34 收藏量：0 资源大小：7.73MB 上传时间：2022-04-16

: MATLAB编译生成AUTOLISP代码实现可变ID3基因分型决策树分类图的绘制.pdf MATLAB编译生成AUTOLISP代码实现可变ID3基因分型决策树分类图的绘制.pdf
评级：0 浏览量：68 收藏量：0 资源大小：1009KB 上传时间：2021-06-28

: 基因：带有Web App和SQL数据库的API 在下载的vcf文件中，我没有找到说明中列出的文件，因此我决定从文件中提取以下6列：['CHROM'，'POS'，'ID'，'REF'，'ALT_1'，'INFO_1' ] 索引较大的表（85 mio recs）具有挑战性，但我没有做到这一点。后端（Node....
评级：0 浏览量：63 收藏量：0 资源大小：2.51MB 上传时间：2021-02-27

: SNPsplit:等位基因特异性比对排序但是，可以通过以下方式将VCF文件转换为UCSC兼容版本：（a）将染色体名称从例如1更改为chr1以及（b）在VCF文件头的ID字段中添加更改的染色体名称。通常没有必要将线粒体的名称从MT更改为chrM因为无论如何都不会为...
评级：0 浏览量：480 收藏量：0 资源大小：1.09MB 上传时间：2021-03-30

: sequence-finder:在细菌基因组中搜索物种特定区域序列查找器小型快速Python管道，用于搜索细菌基因组中特定于物种的区域。要求您需要安装：高炉- conda install -c bioconda blast安装克隆回购git clone git@github.com:polinchen98/sequence-finder.git 安装套件...
评级：0 浏览量：102 收藏量：0 资源大小：4KB 上传时间：2021-03-15

: 植物乳杆菌luxS基因敲除载体的构建与应用植物乳杆菌luxS基因敲除载体的构建与应用，郑慧琦，庞雪辉，构建植物乳杆菌KLDS1.0391的luxS基因敲除载体并实现基因敲除。以植物乳杆菌KLDS1.0391的基因组为模板，采用PCR方法扩增luxS侧翼序列luxSL、lux
评级：0 浏览量：109 收藏量：1 资源大小：644KB 上传时间：2020-01-30

: pipeline:基因本体的声明式管道该管道是基因本体的“主要”管道，目前涵盖同步的ETL，QA / QC和部署职责。可以在此处找到概述该系统及其原理的立式幻灯片集： : 。发展基本管道及其相关开发均基于此存储库中的Jenkinsfile。我们的Jenkins实例是...
评级：0 浏览量：76 收藏量：0 资源大小：21KB 上传时间：2021-03-26

: ucsc_snapshots:从 UCSC 基因组浏览器自动获取指定区域的图像 ucsc_snapshots 文档版本：0.1.8概括ucsc_snapshots 根据从 BED3+ 文件和会话 ID (hgsid) 指定的坐标从 UCSC 基因组浏览器中检索图片。 UCSC Genome Browser 应在使用该实用程序之前设置轨道并保存为会话。这包括...
评级：0 浏览量：328 收藏量：0 资源大小：6KB 上传时间：2021-06-13

: genomeGTFtools:将各种功能转换为类似GFF的文件，以便在基因组浏览器中使用最终，最好是某些字段是显式的，例如ID（机器可理解的唯一标识符，可以是登录号，等等），Parent（任何其他ID）和Name（例如基因名称）。这还将允许按ID，Parent或Name进行快速索引或排序，这也将使其更易于图形的...
评级：0 浏览量：908 收藏量：0 资源大小：933KB 上传时间：2021-05-04

: tidygenomics:处理基因组数据框架的整洁动词https 整理基因组学处理基因组数据框的整洁动词描述就像在GRanges一样，在数据框中处理基因组数据。该软件包提供了一种以“整齐的方式”...- data.frame(id = 1:4, chromosome = c("chr1", "chr1", "chr2", "chr2"),
评级：0 浏览量：44 收藏量：0 资源大小：341KB 上传时间：2021-05-15

: Visualizing-genome-annotations:D3 JavaScript基因组特征（gff）文件的交互式可视化可视化基因组注释D3 JavaScript基因组特征（gff）文件的交互式可视化这引入了一个框架，用于创建（GFF）的交互式信息性可视化。通用特征格式（GFF）也称为基因发现格式，是一种描述基因组和蛋白质序列特征的文件...
评级：0 浏览量：142 收藏量：0 资源大小：23KB 上传时间：2021-05-23

: MetagenomicsClient:策划宏基因组学的API客户端 docker run --rm --init -it --user= $( id -u ) : $( id -g ) --volume " $HOME : $HOME " --volume= " /etc/group:/etc/group:ro " --volume= " /etc/passwd:/etc/passwd:ro " --volume= " /etc/shadow:/etc/...
评级：0 浏览量：72 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2021-03-16

: MR-PKM:用于宏基因组学的 Pairwise K-mer 模式管道的 Hadoop MapReduce 实现为了提供针对另一个给定 FASTA 文件的快速 K-mer 匹配（搜索），管道预先计算给定 FASTA 文件的 K-mer，并生成 FASTA 文件的 ReadID 索引和 Kmer 索引。通过使用这些预先计算的索引，它可以在一组 FASTA 文件之间...
评级：0 浏览量：64 收藏量：0 资源大小：47.6MB 上传时间：2021-06-07

: 数据挖掘实验-基于癌症基因数据集的决策树分类数据挖掘课程实验，基于癌症基因数据集的决策树分类，采用两种决策树算法：ID3算法和C4.5算法，对五种癌症基因数据集BLCA、BRCA、KIRC、LUAD、PAAD进行分类。
评级：0 浏览量：177 收藏量：3 资源大小：620KB 上传时间：2023-04-18

: ACE2基因多态性与糖尿病肾病的关系 ACE2基因多态性与糖尿病肾病的关系，王志达，赵希璐，目的：探讨ACE2基因多态性与糖尿病肾病的关系。方法采用病例对照研究方法，以2012年4月至2013年9月间在天津医科大学代谢病医院住院�
评级：0 浏览量：85 收藏量：0 资源大小：490KB 上传时间：2020-03-13

: vcf2tsv:基因组VCF到制表符分隔的值如果存在基因型数据，则每个样本打印一行，而表示为VCF_SAMPLE_ID的列表示给定样本的数据。脚本具有以下可选参数跳过样本基因型数据（即FORMAT列）保留拒绝的基因型（即FILTER\uff01='PASS'/ GT =='./。'）跳过...
评级：0 浏览量：345 收藏量：1 资源大小：5KB 上传时间：2021-05-09

: level-dna:将基因组数据导入升级实例将基因组数据（）导入 LevelDB。例子将的 dna 导入关卡的示例。 var fs = require ( 'request' ) var JSONStream = require ( 'JSONStream' ) var levelup = require ( 'levelup' ) var tolevel = require ( '...
评级：0 浏览量：34 收藏量：0 资源大小：2KB 上传时间：2021-06-20

: Genotify:最小的桌面应用程序，可轻松便捷地进行基因注释只需将基因名称，ID或符号复制到剪贴板，然后使用ctrl+q （或cmd+q ）来查询该基因。如果您愿意，可以限制种类。单击任何出现的文本框，以将它们复制到剪贴板。该程序旨在使您能够访问基因所需的所有资源，从...
评级：0 浏览量：66 收藏量：0 资源大小：16.73MB 上传时间：2021-05-25

: isONclust:从头开始将长转录本从头读入基因 isOnclust isONclust是一种将PacBio Iso-Seq读物或Oxford Nanopore读物聚集成簇的工具，其中每个簇代表来自基因的所有读物。输出是一个tsv文件，每个读取都分配了一个集群ID。详细信息可在。 isONclust作为python...
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: Gall-ID:由 Microbe-ID 修改的 Gall Identification 网站该站点提供创建物种鉴定或基因分型网站所需的所有代码和应用程序。可以在找到Microbe-ID对Phytophthora属植物病原体的工作实现。该站点允许基于 ITS 或cox间隔序列识别物种以及将 SSR 基因型置于已知参考种群...
评级：0 浏览量：64 收藏量：0 资源大小：16.84MB 上传时间：2021-06-06

: genomepage:React Web应用程序在dictyBase上显示基因组信息添加任何提供程序名称及其对应的客户端ID。所有提供程序的文件中都应具有匹配的对应文件。为该文件中的每个新提供程序填写所有配置参数。设置登录提供程序后，您可以照常运行yarn install和yarn start 。后端...
评级：0 浏览量：41 收藏量：0 资源大小：399KB 上传时间：2021-03-15

: 论文研究 - 埃及2型糖尿病肾病患者血管紧张素转换酶基因多态性的研究结果：患有糖尿病的DKD患者的ACE（DD，ID，II）基因多态性分别为44％，52％，4％，而没有DKD的T2DM患者的基因多态性分别为23％，72％，5％。与没有DKD的患者相比（DD）在患有DKD的T2DM患者中具有更高的频率（p <...
评级：0 浏览量：79 收藏量：0 资源大小：514KB 上传时间：2020-05-26

: get-uid:生成唯一的数字 ID 简单的随机 ID 生成器。 $ npm install get-uid var getUid = require ( 'get-uid' ) ; getUid ( ) ; //1178851014 getUid ( ) ; //811233864 ... 又一个 uid 生成器？已经有一些了：基因-uid 独特用户...
评级：0 浏览量：252 收藏量：0 资源大小：3KB 上传时间：2021-06-29

: eggNOG_drinker:使用eggNOG数据库进行基因本体搜索与分配基于eggNOG数据库的基因本体搜索与分配 ##程序由两部分组成： eggNOG_flavor.py ：在 rapsearch 使用期间使数据库更小更快。通常，这种搜索是针对与研究中的物种相似的物种进行的。通过这种方式，该脚本为每次...
评级：0 浏览量：216 收藏量：0 资源大小：13KB 上传时间：2021-06-19

: Just_Annotate_My_Genome:全面注释您的非模型物种基因组。-开源使用现有的exonerate输出或仅预测的蛋白质（例如，来自Transdecoder或仅来自FASTA文件的蛋白质）来为Augustus，SNAP和Geneid准备基因预测输入。如果未提供，则运行Exonerate（通过AAT启用）。生成GTF文件以判断...
评级：0 浏览量：205 收藏量：0 资源大小：1.2GB 上传时间：2021-04-29

: LncRNA-ID:使用平衡随机森林的长非编码 RNA 识别 LncRNA-ID 该项目包含 Rujira Achawanantakun、Yanni Sun 和 Yuan Zhang使用平衡随机森林的论文Long non-coding RNA IDentification 的支持脚本和数据。文件脚本： expression.sh：计算编码区和3'utr中的表达...
评级：0 浏览量：132 收藏量：0 资源大小：12KB 上传时间：2021-06-19

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