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sequence-finder:在细菌基因组中搜索物种特定区域
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2021-03-15
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序列查找器 小型快速Python管道,用于搜索细菌基因组中特定于物种的区域。 要求 您需要安装: 高炉- conda install -c bioconda blast 安装 克隆回购 git clone git@github.com:polinchen98/sequence-finder.git 安装套件 pip intall -r requirements.txt 如果这在旧版本的Python上失败,请尝试首先更新您的pip工具: pip install --upgrade pip 用法 prepare.py下载和创建数据库(正负) python prepare.py --genus pectobacterium --species parmentieri --id CP015749.1 splitter.py具有指定间隔和长度的分割序列 python splitter.p
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sequence-finder-master
prepare.py 4KB
blast.py 3KB
requirements.txt 40B
splitter.py 1019B
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