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furry-couscous:简单的脚本可生成带有geneID的基因列表和带有外显子的bed文件。同时检查geneID是否有效
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2021-03-18
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毛茸茸的蒸粗麦粉 简单的脚本可生成带有geneID的基因列表和带有外显子的bed文件。还检查geneID是否有效。 如何使用所有成绩单获取平面文件: 在UCSC浏览器中。选择轨道NCBI RefSeq-表RefSeq Select(获取此表的autodl)。所选表格中的所有字段。 删除所有替代染色体,并在染色体名称之前删除“ chr”。 在UCSC浏览器中。选择轨道NCBI RefSeq-表RefSeq All(获取此表的autodl)。所选表格中的所有字段。 在UCSC浏览器中。选择轨道NCBI RefSeq-表RefSeq Other(获取此表的autodl)。所选表格中的所有字段。 来自genenames.org(ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/genenames/hgnc/tsv/locus_groups/)dl protein-coding_g
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furry-couscous-main.zip (16个子文件)
furry-couscous-main
.ipynb_checkpoints
Untitled-checkpoint.ipynb 6KB
Untitled.ipynb 95KB
README.md 29KB
panel_builder.py 17KB
downloads
.ipynb_checkpoints
Untitled-checkpoint.ipynb 16KB
RefseqAll_GRCh37-checkpoint.txt 21.46MB
RefseqSelect_GRCh37-checkpoint.txt 5.99MB
hgnc_complete_set.txt 14.5MB
Untitled.ipynb 131KB
remove
withdrawn.txt 243KB
protein-coding_gene.txt 8.15MB
RefseqAll_GRCh37.txt 19.63MB
GCF_000001405.25_GRCh37.p13_feature_table.txt 36.07MB
RefseqSelect_GRCh37.txt 5.44MB
GenCodeBasicV36lift37.txt 22.69MB
.gitignore 96B
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靚兔
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