Ⅱ型*
Ⅲ型
第一类（Ｉ型）限制性内切酶：
能识别专一的核苷酸顺序
并在识别点附近的一些核苷酸上切割 DNA 分子中的双链
但是切割的核苷酸顺序没有专一性,是随机的
这类限制性内切酶在ＤＮA 重组技术或基因工程中用处不大，无法用于分析 DＮA 结构或
克隆基因
如：EcoB、
Ｅ
coK 等
第二类(II 型)限制性内切酶：
能识别专一的核苷酸顺序(回文对称顺序)
并在该顺序内的固定位置上切割双链
是 DNA 重组技术中最常用的工具酶之一
这种酶识别的专一核苷酸顺序最常见的是 4 个或 6 个核苷酸，少数也有识别５个核苷酸以
及 7 个、8 个、９个、10 个和 11 个核苷酸的
回文对称顺序：有一个中心对称轴，从这个轴朝二个方向“读”都完全相同
切割后形成具有粘性末端(cohｅsiｖｅ end)的ＤNA 片段
切割后形成具有平末端（blｕnt end)的 DNA 片段
限制酶在识别序列的对称轴上切割，形成的 DNA 片段没有突出的单链
第三类( IIＩ型)限制性内切酶也有专一的识别顺序，但不是对称的回文顺序，在识别顺序
旁边几个核苷酸对的固定位置上切割双链。但这几个核苷酸对不是特异性的。这种限制性内
切酶切割后产生的一定长度 DNA 片段，具有各种单链末端,因此不能应用于基因克隆
同裂酶和同尾酶
同裂酶（同切酶或异源同工酶):
两种限制性内切酶的识别核苷酸顺序和切割位置都相同，有时其差别只在于当识别顺序中有
甲基化的核苷酸时,一种限制性内切酶可以切割，另一种则不能。
例如：
HpaⅡ和
Ｍ
spⅠ的识别顺序都是 CＣＧG
如果其中有 5’－甲基胞嘧啶，则只有 H
ｐ
aⅡ能够切割
同尾酶:
有时两种酶切割序列不完全相同，但却能产生相同的粘性末端，这类酶被称为同尾酶
可以通过ＤNA 连接酶将这类末端连接起来，但原来的酶切位点将被破坏，有时可能会
产生一个新的酶切位点
如:Xba1、Nhe1 以及
Ｓ
pe1 切割的 DＮA 序列不同,但均给出相同的“ＣＴAＧ”粘性末端。这
些粘性末端连接后，以上的酶将不能再切割，但却产生了一个新的 4 核苷酸的酶切位点，即
Bf
ａ
1 的酶切位点
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