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DEWrapperWorkflow:这是一个将EMBL和DKFZ工作流的结果聚合为一个SeqWare工作流的工作流
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2021-05-01
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DKFZ / EMBL PanCancer变体调用工作流程 该项目旨在将DKFZ和EMBL工作流程包装为在其自己的Docker容器中运行的单个SeqWare工作流程。 编排工作流调用GNOS下载,用于结构变化的EMBL工作流,用于SNV,插入缺失和拷贝数的DKFZ工作流,最后将结果上传回GNOS。 与以前的工作流程不同,现在有一个中央决策器,该决策器从PanCancer.info上托管的重复数据消除的中央索引中生成INI。 这应该比以前使用的分布式决策器可靠得多。 有关更多信息,请参见 。 有关在由中央启动程序配置和管理的更大数量的工作虚拟机云的上下文中设置此工作流的信息,请从由中央决策程序生成的INI中分配工作,请参阅的文档。 具体来说,我们正在构建PanCancer工作流启动器,使您可以计划工作流并在Amazon和其他云环境上自动启动工作器VM。 有关更多信息,请参见。 上面链接
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收起资源包目录
DEWrapperWorkflow-develop.zip (20个子文件)
DEWrapperWorkflow-develop
.travis.yml 76B
pom.xml 17KB
Dockerfile 1KB
links
README 905B
input.txt 99B
launchWorkflow.sh 376B
workflow.properties 1KB
src
main
java
io
seqware
pancancer
Version.java.template 2KB
JobUtilities.java 14KB
DEWrapperWorkflow.java 49KB
launchWorkflowDev.sh 379B
CHANGELOG.md 3KB
workflow
config
DEWrapperWorkflow.ini 5KB
DEWrapperWorkflow_1.6.0_GNOS.ini 5KB
scripts
timing.pl 1KB
prep_json.pl 496B
metadata.xml 695B
README.md 22KB
SAMPLE_JSON.md 22KB
PanCancerRegistry.json 263B
共 20 条
- 1
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长迦
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