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python-bioimage-analysis-tutorial:EMBL Python BioImage Analysis教...
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Python BioImage分析教程 最初于2016年创建在2017年更新并转换为Jupyter笔记本在2018年更新并转换为python 3 作者:乔纳斯·哈特曼(Jonas Hartmann)(EMBL海德堡吉尔穆尔小组) 目的和概述 本教程讲解了Python中生物图像处理,分割和分析的基础知识。 它以(希望)不言自明的方式集成了解释和练习,使参与者能够逐步建立自己的图像分析管道。 本教程使用2D共聚焦荧光显微镜图像的单细胞分割来说明从预处理到分割再到(非常基础的)数据分析的关键概念。 本文以一小节结尾,介绍如何将这样的管道一次应用于多个图像(批处理)。 您可以在jupyter笔记本image_analysis_tutorial.ipynb找到入门所需的所有image_analysis_tutorial.ipynb 。 要了解有关如何以交互方式运行这些材料的更多信息,请参见。
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python-bioimage-analysis-tutorial-master.zip (17个子文件)
python-bioimage-analysis-tutorial-master
.gitignore 48B
README.md 4KB
Lecture - Interesting Bonus Stuff - Jonas Hartmann.pdf 1.26MB
Lecture - Computational Image Analysis - Jonas Hartmann.pdf 3.78MB
LICENSE 1KB
batch_processing_solution.py 4KB
ipynb_images
distance_transform.png 68KB
fig_gen.py 5KB
watershed_illustration.png 119KB
uniform_filter_SE.png 6KB
gaussian_kernel_grid.png 26KB
adaptive_bg_1D.png 30KB
image_analysis_tutorial_solutions.ipynb 67KB
example_data
example_cells_1.tif 709KB
example_cells_2.tif 709KB
not_a_valid_input_file.txt 87B
image_analysis_tutorial.ipynb 84KB
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