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de-novo-transcriptome-assembly-pipeline:从头组合转录组组装-多个汇编程序-多个参数
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2021-04-02
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从头转录组装配流程 该流水线使用组合的从头转录组组装流水线将多个汇编器和多个参数组合在一起。 有关更多信息,请转到 如有其他疑问,请联系NCGAS团队( ) 该管道当前仅设置了TORQUE作业处理程序(SLURM正在进行中,将很快更新),当前设置是针对IU Carbonate Cluster。 如果您想在自己的硬件上运行它,我们可以帮助您将脚本转换为在您的计算机上运行。 阅读自述文件。 每个文件夹中都有自述文件。 步骤0: 您将需要运行启动脚本来设置您的电子邮件,项目位置,并指定您是使用单链还是双链。 可以使用以下命令完成此操作: Setup.ba -e -s -r -i @@ -29,21 +29,21 @@您可以使用以下方法获得所有软件的引用:注:您可以多次更改电子邮件和链设置,但当前可以使用目录将仅在第一次运行。 只要您不移动目录,就不会造成任何问题。 另外,此步骤可能需要
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de-novo-transcriptome-assembly-pipeline-master.zip (44个子文件)
de-novo-transcriptome-assembly-pipeline-master
Installation_notes.md 6KB
Project_Carbonate_v4
TransAbyss
Combine.sh 224B
RunTransAb1b.sh 583B
RunTransAb1.sh 582B
README 320B
setup_files
paired2single 9KB
citations 2KB
single2paired 9KB
Trinity
RunTrinity.sh 500B
README 277B
Setup.ba 3KB
input_files
RunTrinity.normalize.sh 594B
README 1KB
Velvet
Combine.sh 737B
RunVelvet2.sh 470B
RunVelvet3.sh 371B
RunVelvet1b.sh 516B
RunVelvet1.sh 515B
RunVelvet2b.sh 471B
RunVelvet3b.sh 372B
README 486B
final_assemblies
Combine.sh 24B
RunEviGene.sh 537B
QC
RunQC.sh 3KB
README 919B
DE
README 2KB
adjust_matrix.sh 632B
annotation
Annotate.sh 1KB
RunAnnotate.sh 186B
scripts
subset_fasta.pl 6KB
convert_aa.ba 1KB
make_genes_to_transcripts.ba 1KB
RunTrinotate.sh 1KB
README 2KB
README 2KB
backwards_compatibility
README 3KB
README 4KB
SOAP
Combine.sh 424B
RunSOAP1.sh 395B
RunSOAP1b.sh 397B
config_file 491B
README 614B
LICENSE 120B
README.md 4KB
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