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librtd:广义k-mer返回时间分布(RTD)计算库
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2021-02-04
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librtd 该项目旨在使DNA和RNA k- mer的返回时间分布分析变得简单,快速和通用。 什么是k聚体返回时间分布? 考虑DNA序列AAAAAAAAAAAAAAAAATTTTTTTTTTTTTTTTT和ATATATATATATATATATATATATATATATATAT 。 基于常规k聚体频率的分析方法将相同地对待这些序列。 当k = 1时,两个序列中的A 1单体的数量恰好等于T 1单体的数量。 但是, k- mer返回时间方法提出以下问题:对于给定的k- mer,它与下一次出现的另一个k- mer(通常是同一对)的距离(以碱基对计)有多近。 因此,回到上面的示例,对于k = 1,
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杜佳加
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