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PlasmidSeeker:基于k-mer的程序,可从全基因组测序读取物中鉴定已知质粒
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2021-05-24
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质粒搜寻者 基于k-mer的程序,可从细菌全基因组测序读取物中鉴定已知质粒 PlasmidSeeker已在PeerJ中发表,可以从访问 ========================= 使用PLASMIDSEEKER工具 1.下载预建数据库 您可以从我们的部门服务器( )下载并使用预先构建的质粒数据库。 Ver 1.(2017年7月),带有8,514个质粒:seeker_db_w20.tar.gz Ver 2(2020年11月),带有19,782个质粒: 2.建立自定义的质粒数据库 如果您不想使用预先构建的质粒数据库,则需要编译自己的数据库。 为了这: 确保已安装和 将GenomeTester 4二进制文件(gdistribution,glistcompare,glistquery,glistmaker)放置到名为“ GenomeTester4”的目录中,该目录应直接位于主目录
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PlasmidSeeker-master.zip (15个子文件)
PlasmidSeeker-master
P_aeruginosa_plasmid.txt 249B
GenomeTester4
gdistribution 28KB
glistquery 41KB
glistcompare 55KB
glistmaker 45KB
plasmidseeker.pl 18KB
LICENSE 1KB
make_mutations.pl 839B
README.md 4KB
testfunction.R 16KB
example
readme.md 1KB
plasmidseeker_ecoli_test.sh 1KB
database_builder.pl 3KB
errormodel-80bp.mconf 26KB
E_coli_wgs.txt 7KB
共 15 条
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余木脑袋
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