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GFP细胞检测
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2021-02-27
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GFP细胞检测 运行脚本“ sh run_script.sh $ brainID”以获取结果。 本文的代码回购: Sukhendu Das,Jaikishan Jayakumar,Samik Banerjee,Janani Ramaswamy,Venu Vangala,Keerthi Ram和Partha Mitra。 BioRxiv(2019):252247。 构型 将输入的Brain图像以JP2格式存储,并在带有BrainID的文件夹中的名称中包含字母F(代表荧光部分)。 如果您有“脑区域分割”(如.mat文件),请将其存储在文件夹$ brainID / reg_high_seg_pad /中 如果您有其他格式的“脑区域分割”,请正确阅读该分割,以使其代表GFP_Cell_Detection / main_bam.m的第28行中的单通道图像 如果没有“脑区域分割”,请注释掉GF
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GFP-Cell-Detection-main.zip (45个子文件)
GFP-Cell-Detection-main
run_script.sh 126B
GFP_Cell_Detection
main.m 3KB
residue1.m 2KB
cell_filling.m 2KB
main_bam.m 5KB
cluster.m 949B
residue.m 2KB
zcc.m 554B
gfp_main.m 1KB
gaussFun.m 507B
Vessels.m 1022B
pre_proc.m 629B
phase1.m 3KB
eval_pts.m 874B
edge_layers.m 1KB
fit_circles.m 1KB
Evaluation
Ground_truth_labelling.m 1KB
pr_recall.m 2KB
weighted_pr_recall.m 2KB
Readme.md 19B
Readme 256B
frangi_filter_version2a
Hessian3D.m 2KB
eig3volume.mexw64 15KB
license.txt 1KB
ExampleVolumeStent.mat 3.76MB
main_ridge.m 1KB
eig2image.m 1KB
FrangiFilter2D.m 4KB
imgaussian.m 2KB
eig3volume.c 12KB
FrangiFilter3D.m 6KB
nonmaxsup.m 7KB
imgaussian.mexw64 25KB
imgaussian.c 22KB
Hessian2D.m 1KB
run_script.sh 124B
Euclidean_Signature.m 2KB
normal.m 657B
phase2.m 2KB
circfit.m 589B
weighted_pr_recall_gfp.m 4KB
README.md 307B
fit_circles.asv 1KB
swap.m 120B
README.md 1KB
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信徒阿布
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