均匀量化matlab代码验证Cell_Reports
广泛表达的阻遏物的独特作用支持动态增强剂作用和时间变化
细胞报告,2019,
分段和Matlab代码说明:
为了开始分析nc11或更高时间点的数据,使用斐济软件为每个时间点最大投影了MCP-GFP和Nup-RFP切片。
为了对两个通道中的信号进行分割,我们首先在斐济软件中使用了高斯滤波器(GF)(GF
=
0.55),用于其他MS2-MCP果蝇成像管线(Bothma等人,2014;
Garcia等人,2013)
),以减少像素级噪声并平滑单个对象内的小尺寸图像变化。
接下来,我们开发了Matlab计算管道,以处理用于收集数据的两个通道(488nm通道:MCP-GFP,555nm通道:Nup-RFP)的图像,包括大约2个小时的成像和约80次扫描。
具体来说:(I)使用Nup-RFP过滤图像并使用自定义代码以3D方式检测了胚胎边界。
通过手动定义极端的背侧和腹侧点,我们以半自动化的方式描绘了胚胎的边界。
然后使用Matlab的bwboundary函数沿MCP-GFP等强度线传播边界坐标。
(II)初次点强度测定需要对sog_Distal
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