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GAMBA:GAMBA涉及的数据处理和统计分析代码
共88个文件
json:48个
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2021-04-09
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甘巴 GAMBA是基于Web的应用程序( ),可用于测试输入基因的基因表达谱和神经影像来源的大脑特征是否显示出重叠的空间模式。 不同的统计无效模型可用于检查基因特异性和空间特异性。 有关详细信息,请参阅: Wei Y.等,正在准备基因转录组-神经影像关联的统计测试和注释。 Wei,Y。等。 (2019),人类扩展的认知网络的遗传图谱和进化分析。 Nat Commun。 加工 GAMBA是一个具有前端界面的Web应用程序,该界面显示了有关基因转录与成像来源的大脑特征之间的关联的预处理结果。 处理步骤和统计分析被包括在/processing 简而言之,给定输入的基因表达数据矩阵(按基因划分的区域)和表型数据矩阵(按表型划分的区域),首先进行线性回归以检查基因表达和表型分布之间的空间重叠。 然后,通过分别从所有基因,所有脑表达基因和具有相似共表达水平的基因中随机采样基因来生成零随机,
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GAMBA-main.zip (88个子文件)
GAMBA-main
misc
y_generate_fake_gradients.m 1KB
y_scatter.m 407B
y_barplot.m 924B
processing
y_func_generate_null_coexp_index.m 714B
README.txt 318B
input
input.mat 16.07MB
y_func_permutation_ge.m 2KB
y_rand_gs_coexp.m 4KB
scripts_make_json.m 4KB
output
idx_null_coexp
idx_rand_10.mat 79KB
null_brain
brain_gs_19.json 6KB
brain_gs_1.json 6KB
brain_gs_20.json 6KB
null_coexpression
coexp_gs_10_20.json 6KB
coexp_gs_15_20.json 6KB
genes
NEFH.json 6KB
WNT3.json 6KB
KCNN2.json 6KB
SCN4B.json 6KB
PLEKHM1.json 6KB
SNCG.json 6KB
WDPCP.json 6KB
ADTRP.json 6KB
MANBA.json 6KB
WNT5B.json 6KB
LGALS1.json 6KB
MACROD2.json 6KB
PRSS12.json 6KB
C8orf74.json 6KB
XKR6.json 6KB
VAMP1.json 6KB
C1QL2.json 6KB
MAPT.json 6KB
KANSL1.json 6KB
TPBG.json 6KB
SCN3B.json 6KB
PINX1.json 6KB
CACNA1E.json 6KB
MFHAS1.json 6KB
CRYM.json 6KB
SYT2.json 6KB
COL6A1.json 6KB
KCNC3.json 6KB
CRHR1.json 6KB
KIZ.json 6KB
APOE.json 6KB
HDAC4.json 6KB
BEND5.json 6KB
MFGE8.json 6KB
MDH1.json 6KB
COL24A1.json 6KB
SV2C.json 6KB
KCNH4.json 6KB
XRN2.json 6KB
MSRA.json 6KB
null_random
gs_20.json 6KB
gs_19.json 6KB
gs_1.json 6KB
y_func_permutation_coexp.m 2KB
y_func_permutation.m 2KB
scripts_statistics.m 4KB
y_func_permutation_spin.m 2KB
y_func_permutation_ge_coexp.m 1KB
data
GOterms_BP.mat 6.31MB
gene_expression.mat 15.99MB
img_data.mat 7.7MB
matlab
README.txt 0B
y_rand_gs_coexp.m 4KB
data
gene_expression.mat 15.99MB
permutation_null_spin.m 0B
examples.m 1KB
permutation_null_coexp.m 5KB
permutation_null_brain.m 5KB
LICENSE 1KB
examples
scripts_example3_ASD.m 5KB
gene_supragranular.txt 114B
asdTop25.txt 143B
scripts_example2_apoe.m 4KB
scripts_example1_HSE.m 5KB
.gitignore 122B
simulation
README.txt 928B
scripts_analysis_all_singlegene_gradients.m 5KB
scripts_run.m 800B
scripts_all_GO_all_pheno.m 5KB
scripts_all_singlegene_all_pheno.m 3KB
scripts_all_singlegene_gradients.m 3KB
scripts_analysis_all_singlegene_all_pheno.m 5KB
README.md 3KB
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