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bcbioRNASeq:用于bcbio RNA序列分析的R包
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bcbioRNASeq 用于 RNA分析的包。 工作流程文件 Steinbaugh MJ,Pantano L,Kirchner RD,Barrera V,Chapman BA,Piper ME,Mistry M,Khetani RS,Rutherford KD,Hoffman O,Hutchinson JN,Ho Sui SJ。 (2018)。 F1000研究6:1976。 citation( " bcbioRNASeq " ) 安装 要求: > = 4.0,> = 3.12。 法 if ( ! requireNamespace( " BiocManager " , quietly = TRUE )) { install.packages( " BiocManager " ) } install.packages( pkgs = " bcbioRNASeq " ,
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bcbioRNASeq:用于bcbio RNA序列分析的R包 (146个子文件)
CITATION 1KB
combined.counts 4KB
extra.css 55B
tx2gene.csv 4KB
sample_metadata.csv 332B
DESCRIPTION 4KB
.gitignore 54B
.gitignore 31B
.gitignore 26B
.gitignore 9B
.gitignore 6B
LICENSE 34KB
.lintr 966B
bcbio-nextgen-commands.log 0B
bcbio-nextgen.log 0B
NEWS.md 48KB
README.md 5KB
CONTRIBUTING.md 705B
NAMESPACE 9KB
todo.org 3KB
AllGenerators.R 22KB
updateObject-methods.R 21KB
coerce-methods.R 10KB
test-bcbioRNASeq.R 8KB
AllClasses.R 7KB
test-f1000.R 6KB
extract-methods.R 5KB
AllGenerics.R 5KB
plotMeanSD-methods.R 5KB
internal-tximport.R 5KB
counts-methods.R 4KB
plotPCACovariates-methods.R 4KB
plotPseudoVsAlignedCounts-methods.R 3KB
plotRRNAMappingRate-methods.R 3KB
plotMappedReads-methods.R 3KB
plotGeneSaturation-methods.R 3KB
plotTotalReads-methods.R 3KB
plotExonicMappingRate-methods.R 3KB
plotIntronicMappingRate-methods.R 3KB
plotMappingRate-methods.R 3KB
deprecated.R 3KB
package.R 2KB
plot5Prime3PrimeBias-methods.R 2KB
internal-assert.R 2KB
internal-DESeq2.R 2KB
internal-featureCounts.R 2KB
test-updateObject.R 2KB
plotCountsPerBiotype-methods.R 2KB
internal-ggplot2.R 2KB
plotDispEsts-methods.R 2KB
test-extract.R 1KB
show-methods.R 1KB
slotAlignedCounts-methods.R 1KB
test-counts.R 1KB
test-coerce.R 1KB
plotCountsPerFeature-methods.R 1KB
plotQC-methods.R 1KB
plotCorrelationHeatmap-methods.R 1KB
relativeLogExpression-methods.R 1KB
plotCounts-methods.R 1KB
plotGenderMarkers-methods.R 1KB
plotPCA-methods.R 1014B
AllGlobals.R 996B
tmm-methods.R 990B
bcb.R 897B
f1000.R 872B
helper-cache.R 864B
test-sampleData.R 834B
test-plotQC.R 824B
helper-globals.R 773B
test-bcb.R 745B
test-plotPCACovariates.R 680B
bcb_fast.R 674B
test-plotCorrelationHeatmap.R 640B
test-plotPseudoVsAlignedCounts.R 478B
reexports.R 416B
test-show.R 415B
test-plotCounts.R 399B
test-slotAlignedCounts.R 381B
test-plotCountsPerFeature.R 342B
test-relativeLogExpression.R 315B
test-plotPCA.R 309B
test-plotCountsPerBiotype.R 298B
test-plotDispEsts.R 264B
test-tmm.R 231B
test-plotGenderMarkers.R 219B
test-plotGeneSaturation.R 208B
test-plotHeatmap.R 174B
test-plotMeanSD.R 143B
data.R 139B
test-plotFeaturesDetected.R 131B
testthat.R 78B
.Rbuildignore 251B
bcbioRNASeq.Rd 11KB
extract.Rd 4KB
plotCounts.Rd 4KB
plotPCACovariates.Rd 4KB
plotCountsPerFeature.Rd 4KB
counts.Rd 4KB
coerce.Rd 4KB
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jacknrose
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