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SINCERA:用于单个细胞RNA序列分析的SINCERA管道的R实现
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2021-05-25
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辛克拉 SINCERA管线的R S4实施,用于单细胞RNA序列分析 郭敏哲开发 安装 在R或RStudio中,键入以下命令以安装devtools install.packages("devtools") library(devtools) 然后,使用devtools从github安装SINCERA devtools::install_github("xu-lab/SINCERA") 使用library()激活SINCERA library(SINCERA) 示范 可以在找到使用SINCERA分析E16.5小鼠肺单细胞数据的演示。 可以在上找到使用SINCERA分析人IPF和正常上皮单细胞数据的演示。 引文 Guo M,Wang H,Potter S,Whitsett JA,Xu Y.,2015年。《 SINCERA:单细胞RNA序列分析的计算管道》。 PLoS计算生物学。 1
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SINCERA-master.zip (94个子文件)
SINCERA-master
NAMESPACE 2KB
DESCRIPTION 1018B
R
celltype.R 67KB
sincera.R 43KB
signature.R 41KB
drivingforce.R 19KB
preprocessing.R 31KB
plotting.R 24KB
demo
humanIPF.R 10KB
MouseTFs.txt 114KB
mouselung.e16.5.R 8KB
LICENSE 34KB
README.md 1KB
data
E16.5.rda 8.71MB
IPF.rda 49.92MB
man
celltype.enrichment.Rd 1KB
drivingforce.selectTFs.Rd 1KB
getCells.Rd 515B
cluster.diffgenes.Rd 1KB
normalization.trimmed.mean.Rd 785B
plotCellTypeEnrichment.Rd 546B
getPCA.Rd 456B
hello.Rd 128B
network.inference.Rd 793B
GeneStats.Rd 1KB
setCellNames.Rd 405B
normalization.log.Rd 628B
getGenesForClustering.Rd 364B
prefilterGenes.Rd 832B
getCellNum.Rd 393B
plotRDS.Rd 816B
setGeneNames.Rd 430B
filterContaminatedCells.Rd 1KB
signature.prediction.1.Rd 2KB
expr.minimum.Rd 505B
setCellTypeMarkers.Rd 747B
specificity.criterion.selection.Rd 2KB
exprs.unique.Rd 1000B
cluster.permutation.analysis.Rd 613B
normalization.sqrt.Rd 465B
setGeneMeta.Rd 603B
batch.analysis.MA.Rd 992B
setCellType.Rd 616B
getNodesImportance.Rd 948B
cluster.assignment.Rd 4KB
drivingforce.getLCC.Rd 628B
getGeneMeta.Rd 379B
sigpred.training.sets.Rd 2KB
setCellMeta.Rd 606B
filterLowQualityCells.Rd 784B
drivingforce.rankTFs.Rd 734B
exprs.synthetic.similarity.Rd 1KB
batch.analysis.ISCCD.Rd 895B
plotPCASD.Rd 411B
cluster.ordering.Rd 759B
exprs.common.Rd 1KB
signature.prediction.Rd 2KB
plotHeatmap.Rd 1019B
celltype.validation.Rd 613B
copyCellMeta.Rd 536B
getExpression.Rd 733B
getExprQuantiles.Rd 954B
getCellMeta.Rd 437B
getCellTypeMarkers.Rd 526B
getGeneNum.Rd 350B
doTSNE.Rd 1KB
celltype.enrichment.initKB.Rd 1KB
setExpression.Rd 659B
cluster.permutation.analysis.1.Rd 1KB
getCellType.Rd 911B
doPCA.Rd 804B
construct.Rd 948B
getGenes.Rd 389B
drivingforce.selectTGs.Rd 1KB
drivingforce.inferTRN.Rd 922B
plotHC.Rd 877B
signature.validation.Rd 795B
sincera.Rd 2KB
batch.analysis.Rd 862B
sigpred.testing.sets.Rd 1KB
exprs.test.statistic.metric.Rd 1KB
plotMarkers.Rd 1KB
setPCA.Rd 471B
normalization.zscore.1.Rd 867B
setGenesForClustering.Rd 460B
consensus_maximization.Rd 366B
specificity.thresholdSelection.Rd 469B
batch.analysis.QQ.Rd 1KB
exprs.specificity.Rd 1KB
copyGeneMeta.Rd 523B
normalization.zscore.Rd 736B
cluster.geneSelection.Rd 970B
clusterings.compare.Rd 1KB
.gitignore 512B
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