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whole-slide-cnn:该存储库提供脚本来重现论文“通过深度学习对肺癌类型进行病理学分类的无注释的全幻灯片训练方法”
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2021-05-09
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全幻灯片CNN培训管道 该存储库提供脚本以重现论文“通过深度学习对肺癌类型进行病理学分类的无注释的全幻灯片训练方法”,其中包括模型训练,推理,可视化和统计计算等。通过简单地创建新的配置文件,管道可以无缝地适应其他病理情况。 出版物 Chen,CL。,Chen,CC。,Yu,WH。 等。 使用深度学习对肺癌类型进行病理学分类的无注释全幻灯片培训方法。 纳特COMMUN 12,1193(2021)。 执照 版权所有(C)2021 aetherAI Co.,Ltd.保留所有权利。 根据CC BY-NC-SA 4.0许可( )许可。 要求 硬体需求 确保系统包含足够的主内存空间(最小:256 GB,建议:512 GB),以防止出现内存不足错误。 对于那些希望较少关注模型准确性的尝试的人,在配置中设置较低的缩放比例和图像大小可以大大减少内存消耗,这对有限的计算资源非常友好。 配套 这些代码已在U
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whole-slide-cnn-main.zip (65个子文件)
whole-slide-cnn-main
.gitignore 2KB
LICENSE 20KB
data_configs
test_tcga.csv 64KB
test_tcga_tissue.csv 133KB
test_alldata.csv 24KB
test_adeno.csv 24KB
val_refined.csv 3KB
val_adeno.csv 10KB
train_adeno.csv 88KB
val_squamous.csv 10KB
test_squamous.csv 24KB
train_quarter.csv 22KB
train_squamous.csv 88KB
train_refined.csv 27KB
test_refined.csv 7KB
train_alldata.csv 88KB
train_eighth.csv 11KB
val_dummy.csv 840B
val_alldata.csv 10KB
test_small_lesion.csv 9KB
train_half.csv 44KB
tools
print_scores.py 1KB
compare_auc.R 2KB
calc_auc.R 1KB
draw_roc.py 2KB
gen_bootstrap_aucs.R 2KB
README.md 10KB
whole_slide_cnn
__init__.py 0B
dataloader.py 15KB
huge_layer_wrapper.py 21KB
post_train.py 12KB
utils.py 5KB
post_train_model.py 3KB
test.py 12KB
dataset.py 6KB
vahadane.py 7KB
resnet.py 23KB
model.py 4KB
train.py 10KB
train_configs
config_mil_k3_4x.yaml 1KB
config_mil_k5_4x.yaml 1KB
config_wholeslide_1x.yaml 1KB
config_mil_em_4x.yaml 1KB
config_mil_k1_4x.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_eighth.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_quarter.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_gap.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_adeno.yaml 1KB
config_wholeslide_10x.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_resnet34.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_half.yaml 1KB
config_wholeslide_4x.yaml 1KB
config_wholeslide_2x.yaml 1KB
config_mil_k1_2x.yaml 1KB
config_mil_k1_10x.yaml 1KB
throughput
config_throughput_21500_r50_mil.yaml 1020B
config_throughput_21500_r50_wholeslide_noopt.yaml 1KB
config_throughput_21500_r50_wholeslide.yaml 1KB
config_throughput_11000_r50_wholeslide.yaml 1KB
config_throughput_11000_r50_mil.yaml 1020B
config_throughput_11000_r50_wholeslide_noopt.yaml 1KB
config_wholeslide_4x_squamous.yaml 1KB
misc
tmuh_vahadane.pkl 134B
tcga_vahadane.pkl 134B
.gitattributes 118B
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梦小露
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