microarray:一些用于微阵列处理的 sript

微阵列 最近有人问我如何获得微阵列的最新注释。 一种方法是使用当前版本的 cDNA 和制造商提供的探针序列。 以下实施例与安捷伦 44K 微阵列（具体来说是 Physcomitrella 和水稻）结合使用。 我也可以添加一个 Affymetrix 示例。 一些准备步骤（将探针与您感兴趣的 cDNA 序列对齐） 预处理器脚本依赖于有效的安装。 假定二进制文件位于您的 PATH 中。 要查看 python 脚本类型的所有选项： python prepareMicroarrayProbes.py 下载并解压。 名为 Agilent-017743_GPL14653_spotSequences.txt 的文件对应于 seqTable.txt，而 PpatensV6_filtered_cosmoss_mRNA.fasta 对应于 cDNA.fasta。 建立领结指数 要将探针与感兴趣的 cDNA