Microarray assosiated motif analyzer:来自微阵列数据的顺式元素预测工具-开源

我们开发了一种新颖的无聚类方法，微阵列相关的基序分析仪（MAMA），基于微阵列分析中的加权序列相似性和基因表达谱，预测了新型的顺式作用元件。 使用支持向量机并基于预测的基序和基序对的存在，进行基因表达的模拟。 模拟基因表达的准确性用于评估预测质量并优化此方法中使用的参数。 经过优化，MAMA可以准确模拟超过87％的基因表达。 参见Kakei Y，Ogo Y，Itai RN等。 （2013）一种新型的顺式元素预测方法的发展，以推测铁缺乏症中顺式元素对的协同功能。 大米6（1）：22。