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abagen:用于处理艾伦人脑图谱微阵列表达数据的工具箱
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2021-05-02
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abagen:艾伦大脑图谱遗传数据的工具箱 该软件包提供了一个Python界面,用于获取和使用 (AHBA)微阵列表达数据。 概述 2013年,艾伦脑科学研究所发布了,该数据集包含从六个人脑收集的微阵列表达数据(Hawrylycz等人,2012)。 该数据集提供了前所未有的机会来检查人脑的遗传基础,并且已经产生了对例如和新颖见解。 但是,为了在大多数分析中得到有效利用,AHBA微阵列表达数据通常需要(1)折叠到感兴趣的区域(例如包裹或网络)中,以及(2)跨供体组合。 尽管这可能看起来微不足道,但这些步骤中有许多分析选择会极大地影响所得数据和任何下游分析。 Arnatkevičiūte等人,2019在中对此进行了彻底的处理,证明了用于准备原始AHBA数据的技术和代码在已发布的报告中有很大的不同。 当前的Python软件包abagen旨在提供可重现的工作流,用于处理和准备AHBA微阵列表
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abagen:用于处理艾伦人脑图谱微阵列表达数据的工具箱 (131个子文件)
setup.cfg 2KB
CHANGELOG 11KB
theme_overrides.css 409B
atlas-desikankilliany.csv 2KB
donor_info.csv 855B
.gitattributes 32B
.gitignore 156B
reannotated.csv.gz 493KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 368KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 364KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 353KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 330KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 305KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 265KB
atlas-desikankilliany.nii.gz 212KB
fsaverage5-pial-rh.surf.gii.gz 195KB
fsaverage5-pial-lh.surf.gii.gz 195KB
corrected_mni_coordinates.csv.gz 107KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 41KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 41KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 40KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 38KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 38KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 37KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 37KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 37KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 31KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 31KB
burt2018_natneuro.csv.gz 28KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 28KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 27KB
atlas-desikankilliany-lh.label.gii.gz 4KB
atlas-desikankilliany-rh.label.gii.gz 4KB
rubinov2015_pnas.csv.gz 898B
MANIFEST.in 190B
.zenodo.json 1KB
LICENSE 1KB
Makefile 730B
CONTRIBUTING.md 21KB
CODE_OF_CONDUCT.md 3KB
abagen_logo.png 86KB
abagen_logo_clear.png 85KB
pc_loading.png 19KB
diff_stability.png 16KB
rnaseq.png 15KB
select_probes.png 9KB
collapse_probes.png 8KB
correlation.png 8KB
average.png 7KB
max_intensity.png 6KB
max_variance.png 6KB
versioneer.py 67KB
allen.py 37KB
probes_.py 31KB
reporting.py 27KB
run.py 23KB
matching.py 22KB
utils.py 22KB
correct.py 20KB
images.py 19KB
samples_.py 19KB
fetchers.py 19KB
_version.py 18KB
io.py 16KB
test_samples.py 14KB
mouse.py 10KB
test_probes.py 10KB
test_correct.py 10KB
test_images.py 9KB
surfaces.py 8KB
info.py 7KB
io.py 7KB
test_fetchers.py 6KB
test_matching.py 6KB
utils.py 6KB
structure.py 5KB
transforms.py 5KB
test_allen.py 5KB
test_mouse.py 4KB
conf.py 4KB
test_run.py 4KB
test_io.py 4KB
gene.py 4KB
utils.py 3KB
test_utils.py 2KB
test_structure.py 2KB
test_reporting.py 2KB
test_surfaces.py 2KB
test_transforms.py 2KB
test_io.py 2KB
test_utils.py 2KB
test_gene.py 1KB
__init__.py 1KB
conftest.py 1KB
update_readme.py 847B
__init__.py 674B
__init__.py 661B
setup.py 373B
__init__.py 0B
__init__.py 0B
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