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SOAPdenovo2:下一代测序从头读
共186个文件
c:79个
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cpp:9个
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2021-05-14
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SOAPdenovo2的手册 关于MEGAHIT MEGAHIT可处理单细胞测序数据和超基因组数据。 与SOAPdenovo相比,它生成更长的重叠群,并消耗更少的内存。 要搭建由MEGAHIT生成的重叠群,请使用SOAPdenovo-fusion。 它是一个准备模块,它将重叠群作为输入并生成可被SOAPdenovo的map and scaff模块连续使用的文件。 参考: MEGAHIT:通过简洁的Bruijn图,用于大型和复杂宏基因组学组装的超快速单节点解决方案 对于MAC用户 请使用来SOAPdenovo。 SOAPdenovo在Homebrew-science中的软件包由Shaun Jackman管理。 介绍 SOAPdenovo是一种新颖的短读组装方法,可以为人类大小的基因组构建从头开始的草图组装。 该程序是专门为汇编Illumina GA短读而设计的。 它为建立参考序列和以
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SOAPdenovo2:下一代测序从头读 (186个子文件)
libbam_1.a 922KB
libbam.a 852KB
libbam.a 852KB
libbammac.a 98KB
orderContig.c 258KB
orderContig.c 108KB
iterate.c 71KB
localAsm.c 66KB
bubble.c 63KB
localAsm.c 55KB
prlReadFillGap.c 50KB
read2edge.c 50KB
prlRead2path.c 40KB
prlHashReads.c 33KB
prlRead2Ctg.c 33KB
readseq1by1.c 32KB
prlReadFillGap.c 29KB
prlRead2Ctg.c 28KB
kmer.c 20KB
loadPreGraph.c 18KB
node2edge.c 17KB
loadGraph.c 17KB
lib.c 16KB
attachPEinfo.c 16KB
cutTipPreGraph.c 16KB
main.c 16KB
attachPEinfo.c 16KB
readseq1by1.c 15KB
newhash.c 15KB
splitReps.c 15KB
bundle.c 14KB
kmerhash.c 14KB
newhash.c 13KB
fib.c 13KB
fib.c 13KB
prlHashCtg.c 13KB
cutTip_graph2.c 12KB
linearEdge.c 12KB
cutTip_graph.c 12KB
dfib.c 11KB
loadGraph.c 11KB
lib.c 11KB
prlHashCtg.c 10KB
output_contig.c 10KB
contig.c 9KB
concatenateEdge.c 9KB
potential.c 8KB
read2scaf.c 8KB
scaffold.c 8KB
loadPath.c 8KB
prepare.c 7KB
arc.c 7KB
pregraph.c 7KB
read2scaf.c 7KB
map.c 7KB
searchPath.c 6KB
hashFunction.c 6KB
searchPath.c 5KB
connect.c 5KB
seq.c 5KB
connect.c 4KB
main.c 4KB
stack.c 4KB
hashFunction.c 4KB
seq.c 4KB
compactEdge.c 3KB
stack.c 3KB
mem_manager.c 3KB
check.c 3KB
output_scaffold.c 3KB
output_pregraph.c 3KB
kmer.c 2KB
dfibHeap.c 2KB
mem_manager.c 2KB
darray.c 2KB
fibHeap.c 2KB
fibHeap.c 2KB
output_scaffold.c 2KB
readInterval.c 2KB
check.c 1KB
darray.c 1KB
scaffold.c 1KB
map.c 1KB
example.config 2KB
build_edge.cpp 43KB
build_preArc.cpp 37KB
io_func.cpp 27KB
build_graph.cpp 26KB
pregraph_sparse.cpp 23KB
convert_soapdenovo.cpp 13KB
multi_threads.cpp 3KB
global.cpp 2KB
main.cpp 293B
finalFusion 309KB
zlib.h 64KB
zlib.h 64KB
xcurses.h 50KB
xcurses.h 50KB
bam.h 22KB
bam.h 22KB
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