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具有致密连锁不平衡区(DenseLD)的遗传精细映射 这是一种遗传精细映射方法,在目标基因组区域的SNPS中结合了连锁不平衡(LD)矩阵的致密LD块结构。 先决条件 分析需要MATLAB。 “ denseLD.m”是用于密集块检测的MATLAB函数,该函数最初来自先前程序包的“ NICE.m”。 “ denseLD.m”比“ NICE.m”具有更快的功能。 密集LD块检测可以在MATLAB中执行,也可以由R使用R包中的函数“ dense_block”来调用。 DenseLD还需要R包genlasso,图形和R.matlab进行分析。 在分析之前,请安装这些软件包。 DenseLD分析实例 DenseLD_demo.html展示了使用DenseLD对模拟样本数据执行精细映射的示例。 demo_mat.html是使用MATLAB函数“ denseLD”进行密集LD块结构检测的示例。 实作 1
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DenseLD-main.zip (6个子文件)
DenseLD-main
demo_mat.html 46KB
README.md 1KB
demo_data.csv 308KB
DenseLD_demo.html 1022KB
demo_ldmx.csv 2.37MB
DenseLDmx.mat 1KB
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米丝梨
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