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CoverageAnalyzer:深度测序数据中通过RT签名进行RNA修饰检测-开源
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2021-04-30
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逆转录(RT)和深度测序的组合已成为检测RNA修饰的有力工具,该领域由于其在基因调控中的重要性而最近活跃了起来。 最近的研究产生了依赖于序列依赖性错配模式和RT阻滞两者的高分辨率RT签名。 常见的路线查看器缺少专门的功能,例如过滤,量身定制的可视化,差异分析和导出。 因此,社区将从无缝连接RT签名的详细外观检查和自动筛选修改候选者的平台中受益。 CoverageAnalyzer是为响应对在所有3个OS上运行的功能强大的检查工具的需求而开发的。 借助SAM标准作为输入和直观的GUI,即使是非专家也可以完成各种任务,从RNA Seq数据的可视化到具有基于重要性的候选调用的复杂修饰分析。
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CoverageAnalyzerMacOSX64bitSetup1.1.2.zip (76个子文件)
CoverageAnalyzerMacOSX64bitSetup
CoverageAnalyzer.jar 3.12MB
testdata
.DS_Store 6KB
1
11.sam 181.15MB
.DS_Store 6KB
s_cer_tRNA_modomics.fasta 7KB
2
.DS_Store 6KB
21.sam 117.4MB
3
31.sam 79.83MB
toc.jpg 2KB
stp1b.sh 233B
stp2.sh 496B
coverageanalyzer
SAMtools.py 3KB
RefSeg.java 447B
swing-layout-1.0.4.jar 115KB
sort.py 1KB
prefuse-beta-20071021.jar 565KB
commons-exec-1.2.jar 53KB
images
wf1.png 73KB
zoomout.png 3KB
profile.png 5KB
pdf.png 4KB
wf2.png 74KB
grid.png 4KB
legend.png 4KB
batch.png 4KB
and.png 4KB
skipbwd.png 3KB
difference.png 4KB
search.png 3KB
wf5.png 78KB
covan2.png 16KB
startserialplotting.png 4KB
sequence.png 4KB
skipfwd.png 3KB
analyze.png 5KB
zoomin.png 4KB
wf0.png 69KB
visualize.png 3KB
openfolder.png 4KB
vanish.png 3KB
delete.png 3KB
rubbish.png 3KB
undo.png 3KB
wf3.png 74KB
save.png 3KB
arrestrate.png 3KB
notepad.png 4KB
or.png 4KB
deleteall.png 4KB
xor.png 4KB
wf4.png 74KB
refreshall.png 3KB
ThreadedStreamHandler.java 4KB
GUI.form 258KB
itextpdf-5.4.2.jar 1.84MB
SamWorker.java 39KB
MyTableModel.java 1KB
SystemCommandExecutor.java 5KB
FactorialLog.java 807B
GUI.java 486KB
ExportEventsInCurrentView.py 14KB
coverageanalyzer.java 55KB
FisherPValue.java 1KB
PlotSelectedRefSegVisualization.py 44KB
gpl.txt 31KB
coverageanalyzerlastpathvisited.txt 69B
toc.icns 5KB
Setup.command 529B
stp1a.sh 175B
lib
swing-layout-1.0.4.jar 115KB
prefuse-beta-20071021.jar 565KB
commons-exec-1.2.jar 53KB
itextpdf-5.4.2.jar 1.84MB
Coverage_Analyzer_-_Manual.pdf 13.3MB
unixdependencies
Miniconda-latest-MacOSX-x86_64.sh 18.45MB
CoverageAnalyzer.command 69B
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