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FishingCNV:外显子组测序数据中的拷贝数变异(CNV)检测-开源
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2021-04-29
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FishingCNV是由麦吉尔大学开发的软件工具,是用于全面分析高通量外显子组测序数据中稀有拷贝数变异的工具。 输入是由Genome Analysis ToolKit(GATK)生成的标准coverage文件,而输出是包含推定CNV的文件。 该程序有2个不同的发行版* GUI版本(FishingCNV_X.XXzip)*命令行版本(FishingCNV_X.X_pipeline)浏览我们的文件以查找不同的发行版。
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FishingCNV_1.5.3.zip (24个子文件)
FishingCNV_1.5.3
GenomeAnalysisTK-2.3-9
resources
CountLoci.java 2KB
exampleFASTA.fasta.fai 20B
exampleFASTA.fasta 99KB
exampleBAM.bam.bai 232B
exampleBAM.bam 4KB
DepthOfCoverage.java 50KB
CountReads.java 2KB
Pileup.java 6KB
PrintReads.java 10KB
ValidatingPileup.java 7KB
exampleFASTA.dict 148B
GenomeAnalysisTK.jar 13.24MB
FishingCNV.settings 472B
unpairedCNVwPCA_2012_11_26.R 8KB
pairedCNV.R 2KB
correctp.R 402B
unpairedCNV_v1.0.R 4KB
FishingCNV_Manual.pdf 253KB
fishingCNV.jar 120KB
lib
RCaller-2.1.0.jar 41KB
AbsoluteLayout.jar 3KB
correctp_2013_01_14.R 530B
readme.txt 1KB
extractRPKM_FishingCNV.r 1KB
共 24 条
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蒋叶婷
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