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slicereg:小鼠大脑的2D-3D组织学脑切片注册应用程序
共66个文件
py:42个
json:6个
feature:4个
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2021-02-16
04:18:04
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Slicereg 鼠标大脑的2D-3D组织学脑切片注册应用程序。 特征 目前,仅实现了一些非常基本的功能: 在屏幕上显示多通道OME-TIFF文件。 将25um和100um分辨率的Allen鼠标参考地图集加载到3D可视化器中 可以在3D空间中平移和旋转2D切片。 如果您想尝试一下,请查看下面的“安装”部分。 下一步 接下来的功能集中在GUI中的手动注册: 手动注册: 剖面图和参考图集之间的比较小部件 完整仿射变换的控件 多层处理: 一次加载多个切片 切片选择和多切片操作界面。 QuPath可视化 将QuPath文件导入到加载的切片中以进行3D可视化。 更好地控制可视化 视图操作工具(通道选择器,图集透明度控件,qupath显示/隐藏等) CLim控件 安装 笔记!!! 如果您使用的是MacOS,BigSur OpenGL将无法正常工作。 我们仍在等待其他开发人员
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slicereg-main.zip (66个子文件)
slicereg-main
poetry.lock 111KB
.gitignore 84B
poetry.toml 32B
data
.gitignore 14B
RA_10X_scans.dvc 102B
pyproject.toml 1008B
LICENSE 34KB
.github
workflows
linux.yaml 2KB
slicereg
__init__.py 0B
models
__init__.py 0B
section.py 2KB
atlas.py 404B
math.py 367B
config.py 119B
gui
volume_view.py 4KB
__init__.py 0B
base.py 175B
window.py 4KB
slice_view.py 3KB
commands
select_channel.py 913B
load_atlas.py 801B
load_section.py 863B
__init__.py 0B
move_section.py 744B
base.py 395B
utils.py 720B
main.py 2KB
io
ome_tiff.py 728B
__init__.py 0B
repos
__init__.py 0B
section_repo.py 506B
atlas_repo.py 1KB
README.md 3KB
tests
__init__.py 0B
models
test_image.py 394B
__init__.py 0B
test_plane.py 1KB
gui
__init__.py 0B
test_signal.py 1KB
test_gui.py 689B
commands
__init__.py 0B
load_slice
load_slice.feature 295B
test_load_slice_file.py 1KB
load_atlas
test_load_atlas.py 1KB
load_atlas.feature 438B
test_replace_atlas.py 1KB
select_channel
multichannel.feature 272B
test_select_channel.py 1KB
move_section
section_affine_registration.feature 255B
test_move_section.py 1KB
io
__init__.py 0B
test_ome_tiff.py 596B
repos
test_bgatlas_repo.py 2KB
__init__.py 0B
test_section_repo.py 1KB
.dvcignore 139B
docs
developers
README.md 8KB
mypy.ini 36B
.dvc
.gitignore 26B
config 100B
plots
smooth.json 889B
scatter.json 3KB
linear.json 4KB
default.json 714B
confusion.json 3KB
confusion_normalized.json 3KB
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