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IBASAM:基于个体基因的大西洋鲑鱼种群模型
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2021-05-16
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什么是IBASAM? IBASAM(基于个人的大西洋鲑鱼模型)是一种基于个体的示范遗传模型,旨在模拟南欧人口中的沙门氏菌种群动态。 IBASAM如何工作? IBASAM由代表基本生物学过程的8个子模型组成: 繁殖与再创造 来自红血丝和个人出生的出现 遗传编码和传播 生长 生存 糖化 成熟度 移居 它还包括2个环境子模型:10.河流气候(水温和流量)11.海洋气候 为了简洁起见,此处未对所有子模型进行广泛的论证。 请参阅和Piou等。 (2012)进一步解释和图形化了所使用的一些数学函数。 如何使用IBASAM? IBASAM模型是用C ++开发的,并作为R的共享库进行接口(R Development Core,2010),以简化对模型输出的统计分析。 可在Github上在线获得用于创建和使用R包模型的C ++源代码和R脚本。 中提供了更详细的说明。 IBASAM的目标是什么?
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IBASAM:基于个体基因的大西洋鲑鱼种群模型 (235个子文件)
installWindows.bat 85B
COPYING 18KB
Collection.cpp 34KB
Salmon.cpp 15KB
rand.cpp 12KB
externdlllight.cpp 9KB
Environment.cpp 9KB
Genes.cpp 6KB
Genemap.cpp 3KB
Redd.cpp 1KB
.cproject 12KB
Ibasam-win.def 20B
DESCRIPTION 330B
.gitignore 76B
Ibasam_2.3.2.tar.gz 66KB
defaultParameters.h 14KB
Salmon.h 9KB
Collection.h 8KB
Genes.h 5KB
Environment.h 3KB
rand.h 2KB
Genemap.h 2KB
Redd.h 1KB
myassert.h 869B
INDEX 4KB
installLinux 84B
LICENSE 34KB
Makevars 52B
installation.md 4KB
README.md 3KB
README.md 1KB
CONTRIBUTING.md 987B
contents.md 392B
NAMESPACE 32B
ibasam.png 403KB
.project 807B
stats.population.R 4KB
demoIbasam.R 3KB
plot_summerM.R 3KB
important.indicator.summer.population.R 2KB
analyse_origins.R 1KB
write.data.frame.R 1KB
river_climate_model.R 1KB
temporal_analyse_origins.R 1KB
plot_winterM.R 915B
memory_success.R 847B
summarize.summer.population.R 764B
plot_proportions_population.R 762B
fishing.R 709B
append.oneyear.R 674B
proportions.population.R 662B
important.indicator.winter.population.R 649B
zzz.R 611B
observe_redds_details.R 586B
append.onereplicate.R 551B
arraybind.R 548B
plotevolution.R 499B
observe_redds.R 496B
summarize.winter.population.R 474B
Prepare_environment_vectors.R 459B
draw.plotmath.cell.R 440B
observe.R 415B
plotonevariable.R 413B
setup.R 401B
panel.cor.R 378B
defaultParameters.R 374B
analyse_origins_simple.R 370B
look_environment_data.R 353B
summarize.oneyear.R 334B
sinus_model_resid_ar.R 314B
panel.hist.R 303B
plotreplicates.R 297B
write.cell.R 214B
draw.title.cell.R 212B
newwindow.R 210B
make.table.R 199B
DensEffect.R 196B
set_seed.R 189B
write.title.cell.R 186B
mySummary.R 172B
summarize.sub.population.R 169B
time_tick.R 165B
setup_environment_parameters.R 163B
setup_collection_parameters.R 161B
OmegaS.R 159B
Prepare_environment_file.R 158B
Omega.R 157B
Marine_growth.R 148B
recall_nb_day_simulations.R 147B
mortality.R 141B
reinitialize_salmon_maturation.R 138B
add_eggs.R 138B
check_autumn_maturation_ocean.R 136B
check_spring_maturation_river.R 136B
reinitialize_parr_maturation.R 134B
add_individuals.R 133B
grow.R 131B
panel.cor.plot.R 129B
Number_individuals.R 124B
effective_density.R 121B
共 235 条
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小小鹊
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