rnaseq.mcf10a-old:与巴布拉汉姆研究所的 Veronique Juvin 合作

RNA-Seq PIP3 信号项目 这是一组脚本，我用来分析来自 MCF10A 人类乳腺细胞系在 EGF 刺激下的 RNA-Seq 时间进程数据（英国剑桥 Babraham 研究所的博士后项目）。 外部来源 （仅供合作者访问）。 处理原始数据的脚本可以在raw-processing文件夹中找到。 （这个源文件可以在kiselev-pip3-rna-seq-gene-profiles文件夹中找到）。 可以在查看报告。 主.R 要重现论文结果，需要运行main.R ，它遵循论文章节并描述了所有分析步骤。 此文件来源functions.R文件，它加载所有必需的库和几个函数文件（按功能拆分）： main-shortcuts.R 读进程 diff-expr.R 伊斯马拉 聚类 情节.R 去.R 导入其他数据.R alt-剪接 linc-rna 米尔纳 超主.R 一些额外的分析