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MUMmer:版本3.23
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2021-05-08
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-=-MUMmer3.x自述文件-=- **注意** docs / web / manual子目录或提供了全面HTML用户手册。 MUMmer现在是一个开源软件包! 如果您想为MUMmer项目做出贡献,请与我们联系。 有关更多信息或最新版本,请访问MUMmer主页,为 请参阅INSTALL文件以获取安装说明。 该文件包含基本目录中所有可执行文件的简要说明以及有关MUMmer软件包的一般信息。 -描述-MUMmer是一个用于快速比对整个基因组的系统。 当前版本(版本3.0)可以在典型的1.8 GHz Linux台式计算机上使用90 MB的内存,在20秒内找到约500万个碱基对的两个细菌基因组之间的所有20个碱基对的最大精确匹配。 MUMmer还可以比对不完整的基因组。 它可以轻松地处理a弹枪测序项目中的100或1000个重叠群,并使用系统附带的nucmer实用程序将它们与另一组重叠群
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MUMmer:版本3.23 (205个子文件)
ACKNOWLEDGEMENTS 327B
mummer1.align 221KB
mummer3.align 186KB
promer.aligns 2KB
tandem-repeat.awk 760B
Cuthere.awk 96B
construct.c 34KB
streedbg.c 25KB
scanpref.c 19KB
findmaxmat.c 18KB
procmaxmat.c 18KB
streefiledoc.c 14KB
space.c 12KB
procopt.c 10KB
access.c 10KB
mapfile.c 9KB
maxmatopt.c 8KB
maxmatinp.c 8KB
multiseq.c 7KB
findmumcand.c 7KB
iterator.c 6KB
linkloc.c 5KB
addleafcount.c 4KB
debug.c 3KB
cleanMUMcand.c 3KB
maxmat3.c 3KB
dfs.c 3KB
overmax.c 2KB
stree.c 2KB
depthtab.c 2KB
oversucc.c 1KB
seterror.c 1KB
ex2leav.c 1KB
clock.c 1KB
safescpy.c 983B
loc.c 945B
combineMUMs.cc 63KB
postpro.cc 51KB
repeat-match.cc 45KB
postnuc.cc 44KB
show-tiling.cc 42KB
delta.cc 39KB
show-coords.cc 32KB
show-snps.cc 32KB
mgaps.cc 18KB
sw_align.cc 18KB
show-aligns.cc 16KB
show-diff.cc 15KB
delta-filter.cc 8KB
tigrinc.cc 8KB
gaps.cc 7KB
annotate.cc 7KB
prepro.cc 7KB
prenuc.cc 3KB
translate.cc 2KB
D_melanogaster_2Rslice.cds 2KB
ChangeLog 3KB
promer.cluster 9KB
nucmer.cluster 5KB
promer.coords 8KB
nucmer.coords 5KB
COPYRIGHT 291B
run-mummer3.csh 826B
run-mummer1.csh 673B
exact-tandems.csh 567B
promer.delta 4KB
nucmer.delta 3KB
mummer1.errorsgaps 52KB
mummer3.errorsgaps 52KB
Excludemulti 125B
B_anthracis_Mslice.fasta 310KB
B_anthracis_contigs.fasta 307KB
H_pylori26695_Eslice.fasta 273KB
H_pyloriJ99_Eslice.fasta 263KB
H_pylori26695_Bslice.fasta 69KB
H_pyloriJ99_Bslice.fasta 69KB
D_pseudoobscura_contigs.fasta 42KB
D_melanogaster_2Rslice.fasta 35KB
mapview_0.fig 12KB
mummer.fplot 112KB
mummer1.gaps 45KB
mummer3.gaps 44KB
construct.gen 4KB
dfs.gen 2KB
multiplota.gif 9KB
examples_logo.gif 9KB
multiplotb.gif 9KB
manual_logo.gif 9KB
dotplot.gif 7KB
dotplot.gif 7KB
mapplot.gif 7KB
mapplot.gif 7KB
pro_proex.gif 5KB
nucex.gif 5KB
covplot.gif 4KB
logo.gif 4KB
nuc_proex.gif 3KB
mgaps.gif 3KB
osi.gif 2KB
gaps.gif 2KB
共 205 条
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李韩资
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