strobemers:一个用于生成频闪和回避的仓库

频闪器 用于生成选通脉冲和评估的存储库。 首先，这是为描述频闪观测器的论文中的分析创建的原型实现。 由于Python在字符串处理方面非常低效（并且需要内存），因此选通器的任何实际实现和使用都应该以低级语言进行。 但是，Python代码足以作为概念证明。 该存储库由一个库和一个工具组成。 库indexing.py包含用于创建本文评估中使用的数据结构的函数和生成器。 StrobeMatch工具是一个与nucmer大致具有相同接口的nucmer 。 StrobeMatch接受参考并以fasta或fastq格式查询文件。 它会在查询和引用之间产生MAM（最大近似非重叠匹配），然后以类似于nucmer / MUMmer的格式输出。 详细信息如下。 使用图书馆 位于modules文件夹中的indexing.py模块包含用于生成2阶和3阶k聚体，间隔k聚体，最小化器和频闪器（minstrobe和ra