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strobemers:频闪器的Go实现(https
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2021-04-16
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Go中的闪光灯 介绍 这是 (minstrobes和randstrobes)的Go实现,但有一些。 与常规k-mer相比, Randstrobes的实现性能不错(慢2-3倍),但比慢。 此外, Randstrobes仅比MinStrobes慢一点(请参阅)。 注意力 当前实现仅计算正链的选通脉冲,因为选通脉冲是不对称的,并且位置很重要。 安装 go get github.com/shenwei356/strobemers 快速开始 我们遵循的代码样式。 n := 2 l := 3 w_min := 3 w_max := 5 rs , err := strobemers . NewRandStrobes ( seq , n , l , w_min , w_max ) checkError ( err ) var hash uint64 var ok bool var i int //
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strobemers-main.zip (34个子文件)
strobemers-main
illustration_randstrobes_order3.jpg 122KB
minstrobes_test.go 1KB
minstrobes.go 5KB
LICENSE 1KB
strobemers_test.go 4KB
strobemers.go 110B
illustration.xlsx 10KB
illustration_randstrobes_order2.jpg 130KB
randstrobes.go 5KB
speed.xlsx 5KB
common.go 4KB
.gitignore 373B
randstrobes_test.go 1KB
go.sum 3KB
evaluation
test1_matches.go 6KB
q2-snp3-gap1.fasta.blastn 2KB
r0.s.fasta 157B
q2-snp3-gap1.fasta 158B
q0-snp1.fasta 167B
r2.s.fasta 157B
r1.fasta 2.75MB
q0-snp1.fasta.blastn 2KB
q2-snp3.fasta 157B
r0.fasta 1.51MB
r1.s.fasta 157B
q1-snp7.fasta 157B
q1-snp7.fasta.blastn 2KB
README.md 7KB
q2-snp3.fasta.blastn 2KB
r2.fasta 1.64MB
q1-snp7.rc.fasta 160B
README.md 4KB
util.go 2KB
go.mod 198B
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