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PanOCT:泛基因组Ortholog聚类工具-开源
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2021-04-28
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PanOCT(泛基因组直系同源聚类工具)是用PERL编写的程序,用于对紧密相关的原核物种或菌株进行泛基因组分析。 与传统的基于图的直系同源物检测程序不同,除了同源性之外,它还使用微同位或保守基因邻域(CGN)来将蛋白质准确地放入直系同源簇中。
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panoct_v3.23.tar.gz (93个子文件)
panoct_v3.23
bin
gene_order.pl 77KB
paralog_matchtable.pl 7KB
panoct.pl 169KB
README_panoct.txt 29KB
example_dir
example_blast.txt 21.51MB
panoct_v3.23_output_dir
fGI.att 553KB
25_core_adjacency_matrix.txt 524KB
90_pairwise_BSR_distance_matrix.txt 193B
0_noncore_adjacency_vector.txt 0B
90_pairwise_BSR_distance_matrix_phylip.txt 162B
matchtable_paralog.txt 63KB
Core.att 205KB
50_core_adjacency_distance_matrix_phylip.txt 162B
100_core_adjacency_matrix.txt 212KB
fGI_report.txt.index 40KB
0_pairwise_BSR_matrix.txt 193B
Jaccard_pairwise_cluster_similarity_matrix.txt 193B
Sorenson_pairwise_cluster_similarity_matrix.txt 193B
Core.attfGI 202KB
micro.txt 246KB
100_core_adjacency_distance_matrix.txt 193B
fGI_report.txt.details 0B
id.txt 240KB
75_noncore_adjacency_vector.txt 111KB
100_noncore_adjacency_vector.txt 148KB
BSR.txt 301KB
90_pairwise_BSR_matrix.txt 193B
75_core_adjacency_vector.txt 152KB
pairwise_in_cluster.txt 1.57MB
fGI_report.txt 0B
75_noncore_adjacency_matrix.txt 217KB
pairwise_out_cluster.txt 420KB
paralogs.txt 3KB
Jaccard_pairwise_cluster_distance_matrix_phylip.txt 162B
pairwise_identity_matrix.txt 193B
50_core_adjacency_vector.txt 182KB
frameshifts.txt 10KB
matchtable_id.txt 278KB
paralog_weights.txt 364KB
Sorenson_pairwise_cluster_distance_matrix.txt 193B
75_core_adjacency_distance_matrix_phylip.txt 162B
pairwise_BSR_distance_matrix.txt 193B
25_core_adjacency_distance_matrix_phylip.txt 162B
centroids.fasta 1.89MB
25_noncore_adjacency_matrix.txt 0B
report.txt 329B
histograms.txt 83KB
0_core_adjacency_distance_matrix.txt 193B
100_pairwise_identity_matrix.txt 193B
50_core_adjacency_matrix.txt 337KB
75_core_adjacency_matrix.txt 288KB
100_pairwise_BSR_distance_matrix.txt 193B
90_pairwise_identity_matrix.txt 193B
parameters.txt 1KB
100_pairwise_BSR_distance_matrix_phylip.txt 162B
0_noncore_adjacency_matrix.txt 0B
0_core_adjacency_distance_matrix_phylip.txt 162B
missing_blast_results.txt 74B
matchtable_0_1.txt 70KB
100_noncore_adjacency_matrix.txt 289KB
0_core_adjacency_matrix.txt 524KB
fragments_fusions.txt 12KB
hits.txt 599KB
75_core_adjacency_distance_matrix.txt 193B
100_core_adjacency_distance_matrix_phylip.txt 162B
gene_order.txt 628KB
50_noncore_adjacency_matrix.txt 174KB
cluster_weights.txt 206KB
0_pairwise_BSR_distance_matrix.txt 193B
pairwise_BSR_matrix.txt 193B
25_core_adjacency_vector.txt 288KB
below_cutoff_clusters.txt 8KB
partial_paralogs.txt 5KB
25_noncore_adjacency_vector.txt 0B
100_pairwise_BSR_matrix.txt 193B
50_core_adjacency_distance_matrix.txt 193B
100_core_adjacency_vector.txt 109KB
50_noncore_adjacency_vector.txt 89KB
Jaccard_pairwise_cluster_distance_matrix.txt 193B
0_pairwise_identity_matrix.txt 193B
25_core_adjacency_distance_matrix.txt 193B
100_core_adjacency_breaks.txt 907B
0_core_adjacency_vector.txt 288KB
0_pairwise_BSR_distance_matrix_phylip.txt 162B
pairwise_BSR_distance_matrix_phylip.txt 162B
matchtable.txt 273KB
Sorenson_pairwise_cluster_distance_matrix_phylip.txt 162B
pairwise_cutoffs_matrix.txt 193B
100_core_adjacency_breaks_vector.txt 3KB
example_tags.txt 28B
example.gene_att 1.01MB
example.pep 4.51MB
LICENSE.txt 31KB
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biuh
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