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FinIS:一种计算机基因组整理工具-开源
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2021-06-29
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fasta:11个
cpp:9个
FinIS 允许用户缩小基因组组装中的差距并验证基因组支架。 它同时考虑所有缺口以找到与读取数据最匹配的缺口序列并正确解析重复。 有关更多详细信息,请参阅 FinIS 网页和描述 FinIS 的出版物。
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v0.3.tar.gz (73个子文件)
v0.3
Makefile 522B
src
Configure.h 2KB
Contig.cpp 11KB
Configure.cpp~ 1KB
Gap.h 2KB
QuadProgSolver.h 859B
Configure.h~ 2KB
ConfigReader.cpp 3KB
CommonFunction.cpp 920B
PathNode.h 610B
ConnectedNode.h 632B
Configure.cpp 1KB
ContigGraphAnalyzer.h 20KB
#ContigGraphAnalyzer.cpp# 246KB
Gap.cpp 3KB
ContigGraphAnalyzer.cpp 246KB
QuadProgSolver.cpp 29B
ContigGraphAnalyzer.cpp~ 245KB
Contig.h 6KB
ConfigReader.h 404B
PathNode.cpp 502B
CommonFunction.h 395B
ConnectedNode.cpp 791B
.#ContigGraphAnalyzer.cpp
test_dataset
velvet
scaffolds.scaf 1KB
results
LastGraph 74.59MB
conf.config 412B
contigs.fa 3.87MB
soap
scaffolds.scaf 4KB
results
conComps.out 8KB
filled_gaps.out 2KB
gaps_lengths.out 2KB
statistics 104B
GapSeq.fasta 85KB
gaps_seq_lengths.out 3KB
tempGapSeq.fasta 85KB
scaffolds.filled.fasta 4.48MB
unfilled_gaps.out 1KB
evaluation
newContig.delta 35KB
correctGap.fasta 153KB
newContig.coords 65KB
statistics2 3KB
newContig-new.coords 24KB
selectContigAndMap.pl 1KB
newContig.fasta 4.36MB
newContigWithoutSmall.coords 27KB
currentGap.fasta 22B
statistics 3KB
95 75B
log.out 139KB
currentGap.out 867B
newContigGapStatus 11KB
newContig-ref.scaf 13KB
currentGap.align 563B
NC_000913.fna 4.49MB
wrongGap.fasta 61KB
BacillusSubtilis.fasta 3.9MB
assembly.contig 4.45MB
assembly.updated.edge 112KB
conf.config~ 524B
conf.config 544B
assembly.preGraphBasic 71B
hybrid_results
conComps.out 8KB
filled_gaps.out 2KB
gaps_lengths.out 2KB
statistics 104B
GapSeq.fasta 85KB
gaps_seq_lengths.out 3KB
tempGapSeq.fasta 85KB
scaffolds.filled.fasta 4.48MB
unfilled_gaps.out 1KB
obj
finis 351KB
make.sh 2KB
README 7KB
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